当公司的经营地和注册地不一致时，管辖权的确定确实是一个需要仔细考虑的问题。这主要涉及到两个核心点：一是法人的住所如何认定，二是在特定情境下（如工伤认定）如何确定管辖。

首先，从法人的住所认定角度来看，法人的住所通常以其注册地址为准。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，法人存续期间登记事项发生变化的，应当依法向登记机关申请变更登记。如果法人的实际情况与登记的事项不一致，且未办理变更登记，那么这种不一致不得对抗善意相对人。这意味着，在大多数情况下，即使公司的实际经营地与注册地不同，其注册地仍被视为其法律上的住所，也是确定管辖权的重要依据。

以您提供的案例为例，乙公司虽然主要办事机构在天津市滨海新区，但其登记的住所为天津市津南区某路。在甲公司向乙公司主张偿付垫付费用并呈讼法院时，乙公司提出管辖权异议，认为应由其办事机构所在地的滨海新区法院管辖。然而，一审和二审法院均认为，由于乙公司未办理变更登记，其注册地（津南区）的法院对本案具有管辖权。

其次，在特定情境下，如工伤认定，管辖权的确定可能有所不同。如果用人单位的注册地与生产经营地不在同一统筹地区，通常应当在参保地进行工伤认定。如果从业人员在注册地与生产经营地均未参加工伤保险，且用人单位生产经营地在本市行政区域内的，则由生产经营地所在区的人力资源和社会保障局受理工伤认定申请。这里的“生产经营地”指的是用人单位具体生产、经营、办公所在地，从业人员存在相对固定工作场所的，该工作场所可视为生产经营地。

如果用人单位的生产经营地涉及本市两个及以上行政区，且区人力资源和社会保障局对受理管辖有争议的，应当协商处理；协商不成的，可报请市人力资源社会保障局指定管辖。

综上所述，当公司的经营地和注册地不一致时，管辖权的确定主要依据法人的注册地址，但在特定情境下（如工伤认定），也可能根据生产经营地来确定。因此，在处理相关问题时，需要仔细分析具体情况，并参考相关法律法规的规定。