结论：电瓶车逆行撞上机动车后，电瓶车被扣留而机动车未被扣留，这样的处理方式在一般情况下是合理的，但具体还需根据事故现场情况、双方行为及交警的调查判断来综合确定。
分析说明：
交通法规的基本原则：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，车辆、行人应当按照交通信号通行；遇有交通警察现场指挥时，应当按照交通警察的指挥通行；在没有交通信号的道路上，应当在确保安全、畅通的原则下通行。电瓶车逆行明显违反了这一原则，是违法行为。
事故责任划分：
- 在交通事故中，责任划分通常基于双方的行为对事故发生的作用以及过错的严重程度。电瓶车逆行，如果这一行为是导致事故发生的主要原因，那么电瓶车驾驶员将承担主要或全部责任。
- 机动车驾驶员如果未违反交通法规，且在事故发生时采取了合理的避让措施，那么机动车驾驶员可能不承担责任或承担次要责任。
车辆扣留的依据：
- 交警在处理交通事故时，有权根据事故情况扣留相关车辆，以便进行调查、检验、鉴定等。电瓶车因逆行被扣留，很可能是为了调查事故原因、确定责任或作为证据保存。
- 机动车如果未被扣留，可能是因为其在事故中无明显过错，或者交警认为扣留机动车对调查事故无实质性帮助。
特殊情况考虑：
- 如果机动车也存在违法行为（如超速、酒驾等），且这些行为对事故发生有一定影响，那么机动车也可能被扣留，并承担相应责任。
- 事故现场的具体情况（如路况、天气、视线等）也会影响责任划分和车辆扣留的决定。
行动建议：
- 电瓶车驾驶员：应积极配合交警的调查，如实陈述事故经过，接受可能的处罚。同时，可以咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及可能的法律后果。
- 机动车驾驶员：如果认为自己无责或责任较小，也应保留好相关证据（如行车记录仪视频、现场照片等），以便在需要时证明自己的清白。同样，也可以咨询律师以获取更专业的法律建议。
后续法律程序提示：
- 交警部门将在调查结束后出具事故责任认定书，这是确定双方责任的重要依据。
- 双方可以根据事故责任认定书协商赔偿事宜，如果协商不成，可以向法院提起诉讼，由法院根据事实和法律作出判决。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。