结论前置：在红灯亮起且堵车时，车辆在马路中间因交警指挥通过路口，一般不算闯红灯，但具体是否构成违章需结合实际情况判断。以下从不同角度详细分析：

一、闯红灯的认定标准与交警指挥的优先级

根据《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》第三十八条，红灯亮时禁止车辆通行，但若现场有交警指挥，且指挥手势与信号灯不一致时，应当以交警指挥为准。这意味着：

1. 交警指挥优先：即使信号灯为红灯，若交警明确指挥车辆通过路口，车辆按指挥行驶的行为不构成闯红灯。
2. 证据链要求：闯红灯的认定通常需要电子眼抓拍三张照片（车辆驶过停止线、到达路中间、到达对面路口），但交警现场指挥的情况可能无需依赖电子眼证据，而是以交警的判断为准。

二、堵车时车辆在马路中间的特殊情形

若车辆在红灯亮起前已完全越过停止线，但因堵车无法继续前进而停在路中间，需分情况讨论：

1. 交警指挥通过：
   若交警在现场指挥车辆有序通行（例如疏导拥堵），车辆按指挥通过路口的，不构成闯红灯。此时，交警的指挥行为已覆盖了信号灯的指示，驾驶员无需承担违章责任。
2. 无交警指挥或未按指挥行驶：
   
   • 若车辆在红灯亮起后越过停止线并停在路中间，且无交警指挥，可能构成越线停车（根据《机动车驾驶证申领和使用规定》，可能面临记2分、罚款100元左右的处罚）。
     
   • 若车辆在红灯亮起后继续行驶至对面路口，则构成闯红灯（需承担记6分、罚款200元的处罚）。

三、驾驶建议与风险防范

1. 观察信号与路况：
   通过路口时，提前观察信号灯变化和前方路况，避免因堵车被迫停在路中间。若绿灯已亮但前方拥堵，建议提前减速，避免进入路口。
2. 遵循交警指挥：
   现场有交警指挥时，务必按指挥通行，即使信号灯为红灯。若因指挥产生误闯红灯的罚单，可向交警部门提出申诉。
3. 保留证据：
   若对违章处罚有异议，可保存行车记录仪视频、现场照片等证据，以便后续申诉或复核。

四、法律依据

1. 《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》第三十八条：
   红灯亮时禁止车辆通行，但有交警指挥时按指挥通行。
2. 《机动车驾驶证申领和使用规定》：
   
   • 闯红灯：记6分，罚款200元。
     
   • 越线停车：记2分，罚款100元左右。

总结：您描述的情形中，若车辆在红灯亮起时因交警指挥通过路口，不构成闯红灯，但需确保完全遵循交警的指挥。若对处罚有疑问，建议及时查询违章记录或咨询我进一步分析。日常驾驶中，务必保持警惕，遵守信号与指挥，确保安全。