结论：在交通事故中，如果伤者被认定为主要责任方，车主为次要责任方，伤者能否使用农村合作医疗（农合）报销医疗费用，这主要取决于农合的具体报销政策以及事故的具体情况，一般情况下，因第三方责任导致的医疗费用，农合可能不予报销或报销比例受限。

详细分析

1. 农合报销的基本原则：

   • 农村合作医疗（农合）是一种社会保险制度，旨在为农村居民提供基本的医疗保障。其报销范围通常限于因疾病或非第三方责任导致的意外伤害所产生的医疗费用。
   • 如果医疗费用是由第三方（如车主）的责任导致的，那么这部分费用通常不属于农合的报销范围，或者报销比例会受到限制。这是因为农合的设计初衷是保障参保人员因自身疾病或非第三方责任导致的医疗支出，而不是替代第三方责任赔偿。

2. 交通事故责任与农合报销的关系：

   • 在交通事故中，如果伤者被认定为主要责任方，这意味着伤者自身在事故中存在较大的过错。车主作为次要责任方，虽然需要承担一定的赔偿责任，但这并不改变伤者自身责任的事实。
   • 在这种情况下，伤者因事故产生的医疗费用，如果属于车主赔偿责任范围内的部分，通常应由车主或其保险公司承担。而农合作为社会保障制度，一般不会为这部分费用提供报销。

3. 特殊情况下的报销可能性：

   • 如果伤者能够证明其医疗费用中有一部分并非由车主的责任导致（例如，伤者本身患有某种疾病，需要同时治疗），那么这部分费用可能有机会通过农合进行报销。但这需要详细的医疗证明和农合管理部门的审核。
   • 另外，如果车主未购买足够的保险或无力承担赔偿责任，伤者可能面临医疗费用无法得到全额赔偿的情况。在这种情况下，伤者可以尝试与农合管理部门沟通，看是否能获得部分报销或特殊救助，但这并非农合的常规报销范围。

4. 建议与注意事项：

   • 对于伤者而言，首先应与车主或其保险公司协商赔偿事宜，确保医疗费用得到合理赔偿。
   • 如果协商无果或赔偿不足，伤者可以咨询当地的农合管理部门或法律援助机构，了解具体的报销政策和可能的救助途径。
   • 在处理此类事故时，建议伤者保留好所有相关的医疗证明、事故责任认定书等文件，以便在需要时提供证明。

最后，每个地区的农合政策可能有所不同，且交通事故的具体情况也千差万别。因此，在处理此类问题时，最好直接咨询当地的农合管理部门或向我这样的专业律师咨询，以获取最准确、最具体的法律建议。