法院判决夫妻五六年不在一起的情况需根据具体情形判断，核心在于确认夫妻感情是否确已破裂，常见判决方向包括判决离婚或不准离婚。以下是具体分析：

1. 若能证明夫妻感情确已破裂
   根据《民法典》第1079条，法院判决离婚的核心标准是“夫妻感情确已破裂”。若夫妻分居五六年期间满足以下条件，法院通常会判决离婚：

   • 分居原因：因感情不和分居（而非工作、学习等客观原因），且分居期间无和好可能；
     
   • 分居时间：持续分居满两年（五六年已远超该标准）；
     
   • 证据支持：需提供分居期间的证据，如租房合同、水电费记录、证人证言、聊天记录等，证明双方未共同生活且无感情修复迹象。
     示例：若一方长期在外地工作，但定期回家探望、经济共同支出，则可能不被认定为“感情不和分居”；若双方分居后互不联系、经济独立，则更易被认定为感情破裂。

2. 若无法证明感情破裂或存在特殊情形
   若存在以下情况，法院可能判决不准离婚：

   • 分居原因非感情不和：如一方因工作调动、留学、照顾父母等客观原因分居，且双方仍有联系或共同抚养子女；
     
   • 对方不同意离婚且未达到法定条件：若一方坚持不离婚，且分居期间未出现家暴、重婚、赌博等法定离婚事由，法院可能给予双方和好机会；
     
   • 未充分举证：若无法提供分居证据或证据不足，法院可能无法认定感情破裂。
     示例：若一方主张分居五六年，但仅提供单方陈述而无其他证据，法院可能要求补充证据或不予采信。

3. 其他影响因素

   • 子女抚养与财产分割：若判决离婚，法院会一并处理子女抚养权、抚养费及财产分割问题。分居期间若一方独自抚养子女或承担较多家庭责任，可能在财产分割时予以倾斜；
     
   • 调解程序：法院在审理离婚案件时会优先调解，若双方同意离婚但就子女或财产问题未达成一致，法院可能先调解，调解不成再判决；
     
   • 多次起诉：若第一次起诉离婚未获支持，分居状态持续且无和好迹象，第二次起诉时法院判决离婚的概率会显著提高。

建议：若您面临此类情况，建议收集分居证据（如租房合同、通信记录、证人证言等），并梳理分居期间的财产、子女抚养情况，以便在诉讼中充分主张权利。如有具体问题，可直接向我咨询，我会结合您的实际情况进一步分析。