结论前置：未满16周岁的未成年人打工，用人单位扣其迟到工资的行为，在多数情况下是不合法的。以下从多个角度进行详细分析：
一、未成年工的特殊保护
根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，未满16周岁的未成年人属于童工，原则上是不被允许从事劳动活动的。这是出于对未成年人身心健康的保护考虑。如果用人单位确实雇佣了未满16周岁的未成年人，那么这种行为本身就是违法的，更不用说扣其工资了。
二、合法雇佣未成年工的情况（针对已满16周岁未满18周岁）
虽然未满16周岁的未成年人不能被雇佣，但已满16周岁未满18周岁的未成年人（即未成年工）是可以被合法雇佣的。对于这类未成年工，法律也给予了特殊的保护，包括但不限于：
工作时间限制：未成年工不得从事矿山井下、有毒有害、国家规定的第四级体力劳动强度的劳动和其他禁忌从事的劳动，且每日工作时间不得超过8小时，平均每周工作时间不得超过40小时。
工资支付：用人单位应当按照国家规定支付未成年工的工资，且工资不得低于当地最低工资标准。扣工资的行为需要严格遵循法律规定，不能随意扣减。
三、扣工资的合法性分析
对于合法雇佣的未成年工（已满16周岁未满18周岁），如果其存在迟到等违反规章制度的行为，用人单位是否可以扣其工资呢？
规章制度合法性：首先，用人单位的规章制度必须合法，且已经向劳动者公示或告知。如果规章制度本身违法或未告知劳动者，那么依据该规章制度扣工资就是不合法的。
扣工资的合理性：其次，即使规章制度合法，扣工资也必须合理。迟到等轻微违纪行为，一般不应成为扣工资的理由。如果确实需要扣工资，也应当遵循“过失相当”的原则，即扣减的工资数额应当与违纪行为的严重程度相适应。
最低工资保障：最后，扣工资后，劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。这是法律的强制性规定，用人单位必须遵守。
四、针对未满16周岁“打工”的特殊情况
如果未成年人未满16周岁却“打工”，这本身就是违法的。在这种情况下，用人单位不仅无权扣工资，还可能面临法律制裁，包括但不限于罚款、吊销营业执照等。同时，未成年人的家长或监护人也有责任阻止其从事违法劳动活动，并保护其合法权益。
五、建议与行动
对于未成年人：如果你或你身边的未成年人未满16周岁却“打工”，请立即停止这种行为，并告知家长或监护人。同时，可以向当地劳动监察部门举报用人单位的违法行为。
对于用人单位：请严格遵守法律法规，不要雇佣未满16周岁的未成年人。对于合法雇佣的未成年工，请确保其工作环境安全、工作时间合理、工资支付合法。
对于遇到扣工资问题的劳动者：如果你或你身边的劳动者（包括未成年工）遇到扣工资的问题，可以先与用人单位协商解决。如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
有问题可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。