针对您提出的“甲方二楼房顶返修和包给干活的乙方的合同怎么签”这一问题，以下是一份详细且具有深度的合同签订指南，旨在帮助您明确双方权利义务，保障项目顺利进行：

一、合同基本要素

1. 合同名称与主体信息

   • 合同标题可定为“二楼房顶返修承揽合同”。
   • 填写甲乙双方的全称、地址、联系方式及法定代表人（或授权代表）的姓名。
   • 附上双方的营业执照复印件（若乙方为个人，则需提供身份证复印件），确保合同主体的合法性。

2. 项目内容描述

   • 详细列明二楼房顶返修的具体工作内容，如返修范围、使用的材料、施工工艺等。
   • 注明成果交付标准，如返修后的房顶应达到的防水等级、平整度等质量要求，以及验收规范。

3. 价格与支付方式

   • 明确返修工程的总价，可附上分项报价表，详细列出各项费用。
   • 约定分阶段付款比例，如预付款、进度款、尾款等，并明确支付条件和时间节点。例如，合同签订后支付预付款，工程进度达到一定比例时支付进度款，竣工验收合格后支付尾款。

4. 工期要求

   • 确定开工和竣工日期，并约定逾期违约金，如每日按总价的一定比例计算。
   • 明确因甲方原因导致的延期处理方式，如工期顺延、费用补偿等。

二、关键条款设计

1. 材料与设备责任

   • 明确材料供应方，若由甲方供材，需指定品牌型号；若由乙方采购，需经甲方确认。
   • 约定设备损坏风险转移时间，如验收合格后归甲方承担。

2. 变更与签证管理

   • 规定设计变更需书面确认，并调整费用及工期。
   • 明确现场签证流程，如乙方需在规定时间内提交申请，甲方需在规定时间内审批。

3. 验收与保修

   • 制定分阶段验收程序，如隐蔽工程需提前通知甲方进行验收。
   • 约定保修期，如防水工程保修期为5年，其他工程保修期为2年，并明确维修响应时间。

4. 违约责任

   • 规定质量不达标时乙方需返工或赔偿损失。
   • 明确单方解约条件，如乙方擅自转包可解除合同并要求赔偿。

三、风险防范措施

1. 资质审查

   • 核实乙方的施工资质，如建筑装修需相应等级证书。
   • 若乙方为个人承包者，需购买意外险；若为企业，需提供安全生产许可证。

2. 履约担保

   • 要求乙方缴纳履约保证金，通常为合同价的5%-10%。
   • 保留部分尾款作为质保金，如5%，保修期满无质量问题后一次性付清。

3. 争议解决

   • 优先选择仲裁作为争议解决方式，因其效率更高；或约定法院管辖地，通常为甲方所在地。

四、合同签订流程

1. 草拟与审核

   • 使用标准模板（可参考《建设工程施工合同示范文本》）草拟合同。
   • 聘请专业律师审核关键条款，确保合同合法有效。

2. 协商修改

   • 双方就合同中的分歧点进行谈判，如付款方式、违约金比例等。
   • 形成补充协议，明确双方的权利义务。

3. 签字盖章

   • 法定代表人签字并加盖公章，确保合同的正式性和有效性。
   • 骑缝章防止换页，保障合同的完整性。

4. 备案与存档

   • 工程类合同需在住建部门备案，确保合同的合规性。
   • 双方各留存原件及扫描件，便于后续查阅和管理。

五、示例条款参考

第五条 付款方式

1. 合同签订后3日内，甲方向乙方支付合同总价的30%作为预付款；
2. 工程进度达50%时，支付至总价的60%；
3. 竣工验收合格后15日内，支付至总价的95%；
4. 剩余5%作为质保金，质保期满无质量问题后一次性付清。

第九条 违约责任

1. 若乙方未按期完工，每逾期一日，应按合同总价的0.1%向甲方支付违约金；
2. 若因乙方原因导致工程质量不合格，乙方应负责无偿返工直至合格，并承担由此产生的全部费用。

六、注意事项

• 口头承诺无效：所有约定必须写入合同，避免“事后协商”带来的纠纷。
• 税务合规：明确发票类型（专票/普票）、税率及开票时间，确保税务合规。
• 不可抗力：约定自然灾害等不可抗力的处理方式，如工期顺延、费用分担等。

通过遵循以上步骤和注意事项，您可以有效规避法律风险，保障双方权益。对于复杂项目，建议聘请专业律师参与合同起草与审核，以确保合同的合法性和有效性。