关于非法经营种子刑事案件的立案标准，这主要取决于种子的性质以及经营行为的违法程度。非法经营种子可能涉及多个罪名，其中较为常见的是非法买卖毒品原植物种子罪以及生产、经营假种子罪。下面我将分别就这两个罪名进行详细的解释。
一、非法买卖毒品原植物种子罪的立案标准
根据《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（三）》的相关规定，非法买卖未经灭活的毒品原植物种子或幼苗，只要数量达到法定标准或者存在其他严重情节，即构成刑事犯罪，应当予以立案追诉。具体来说：
数量标准：
- 罂粟种子：非法买卖未经灭活的罂粟种子，重量达到五十克以上，或者罂粟幼苗数量达到五千株以上，即符合立案追诉条件。
- 大麻种子：非法买卖未经灭活的大麻种子，数量需达到五十千克以上，或者大麻幼苗数量达到五万株以上，才构成立案条件。
- 其他毒品原植物种子、幼苗：若涉及除罂粟、大麻之外的其他毒品原植物种子或幼苗，虽然法律未明确具体的“数量较大”标准，但会结合案件的具体情况，综合考虑毒品原植物的种类、社会危害性等因素来判断是否应予立案追诉。
其他情形：
- 如果非法买卖、运输、携带、持有的毒品原植物种子或幼苗中，有的已经发芽、出苗或者能够成活、生长，无论数量多少，都应当予以立案追诉。
- 除了上述明确的数量标准和发芽、出苗等情形外，如果存在其他情节严重的非法买卖毒品原植物种子或幼苗的行为，也应当依法立案追诉。
二、生产、经营假种子罪的立案标准
生产、经营假种子主要涉及《刑法》中的生产、销售伪劣种子罪。根据相关法律规定及司法解释，生产、销售伪劣种子罪的立案标准主要包括：
经济损失标准：
- 直接经济损失达到两万元以上：这里的损失包括因使用假种子导致的农作物减产、绝收等直接经济损失，以及为恢复生产而投入的额外成本等间接损失。
- 其他使生产遭受较大损失的情形：如假种子导致土地无法继续耕种，或土地轮番播种周期被推迟等严重损害情况；或假种子对特定珍稀农作物、经济作物造成严重损害，虽损失金额未达到两万元，但对当地农业经济结构、生态环境产生较大负面影响。
具体损失金额的认定：
- “较大损失”一般以二万元为起点；
- “重大损失”以十万元为起点；
- “特别重大损失”以五十万元为起点。
特殊情况处理：
- 如果行为人生产、销售伪劣种子，但未使生产遭受较大损失，则不构成生产、销售伪劣种子罪。然而，若销售数额在五万元以上，应按生产、销售伪劣产品罪定罪处罚。
- 若生产、销售伪劣种子的行为同时触犯了生产、销售伪劣种子罪和生产、销售伪劣产品罪，应依据处罚较重的规定进行处罚。
总结与建议
非法经营种子刑事案件的立案标准主要围绕种子的性质、数量以及经营行为的违法程度来判定。对于涉及毒品原植物种子的非法买卖行为，法律有明确的数量标准和其他严重情节的规定；而对于生产、经营假种子的行为，则主要依据经济损失和其他损害情形来判定。
在此，我建议广大生产经营者和消费者要增强法律意识，严格遵守相关法律法规，不参与任何形式的非法经营种子活动。同时，如果发现有人非法经营种子，应及时向相关部门举报，以共同维护良好的市场秩序和农业生产环境。