结论：助学贷款两年后还清，如果是在贷款合同约定的还款期限内完成还款，则不算逾期；如果超过了合同约定的还款期限，则属于逾期。以下是对这一问题的详细分析：

一、合同约定是关键

助学贷款的还款期限和还款方式通常会在贷款合同中明确约定。因此，判断是否逾期，首先要看贷款合同中的具体条款。如果合同中明确规定了还款期限为两年，且借款人在两年内完成了还款，那么就不算逾期。

二、逾期还款的法律后果

1. 信用记录受损：逾期还款会对借款人的信用记录产生负面影响，这可能会影响借款人未来申请贷款、信用卡等金融服务的审批结果。
2. 罚息和违约金：根据贷款合同的约定，逾期还款可能会产生罚息和违约金，增加借款人的还款负担。
3. 法律诉讼：在严重逾期的情况下，贷款机构可能会采取法律手段追讨欠款，包括起诉借款人至法院。

三、特殊情况下的处理

1. 提前还款：如果借款人在贷款期限内提前还清了贷款，这通常不会被视为逾期，反而可能因提前还款而减少利息支出。但需要注意的是，有些贷款合同可能对提前还款有特定规定，如收取提前还款手续费等，因此借款人在提前还款前应仔细阅读合同条款。
2. 展期或延期还款：如果借款人因特殊原因无法按时还款，可以向贷款机构申请展期或延期还款。但这一申请需要得到贷款机构的同意，并可能涉及额外的费用或利息。

四、建议与提醒

1. 仔细阅读合同条款：在签订助学贷款合同时，借款人应仔细阅读合同条款，特别是关于还款期限、还款方式、逾期还款等方面的规定。
2. 合理规划还款计划：借款人应根据自己的经济状况和还款能力，合理规划还款计划，确保按时还款。
3. 及时沟通：如果借款人遇到还款困难或特殊情况，应及时与贷款机构沟通，寻求解决方案，避免逾期还款带来的不良后果。

如有任何关于助学贷款或法律方面的疑问，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。