刑事案件撤案后，一般情况下不会留下案底，即不会有犯罪记录，但公安机构可能会保留相关调查记录。以下是对这一问题的详细分析：

一、案底的定义与形成

案底，在法律语境中，特指某人过去犯罪行为的记录，它主要基于法院的刑事审判和有罪判决来形成。因此，只有经过法院审判并被判定有罪的人，才会留下案底。

二、刑事案件撤案的含义与情形

刑事案件撤案，意味着案件在侦查、审查起诉或审判阶段，因特定原因（如证据不足、情节显著轻微、犯罪已过追诉时效期限等）而被终止，没有进入法院的审判程序，或者法院最终判决无罪。具体情形包括：

1. 侦查阶段撤案：在侦查过程中，若公安机关或其他侦查机关发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，如案件属于误会、所谓的“犯罪行为”实际并未发生，或犯罪嫌疑人的行为情节显著轻微、危害不大且不认为是犯罪，应当撤销案件。此情况下，因未认定犯罪嫌疑人构成犯罪，故不会留下案底。
2. 审查起诉阶段撤案：检察机关在审查起诉时，若发现犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或存在《刑事诉讼法》第十六条规定的情形（如情节显著轻微、危害不大；犯罪已过追诉时效期限等），应作出不起诉决定。对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或免除刑罚的，检察院也可作出不起诉决定。这两种不起诉决定均意味着犯罪嫌疑人不会被交付审判，因此不会有犯罪记录，即不会留下案底。但需注意，若是检察院作出的酌定不起诉决定，其不起诉决定书会存入个人档案，可能视为一种特殊记录，不过这种记录并不等同于案底，对个人的影响也相对较小。

三、撤案后可能存在的记录

虽然撤案本身不会留下案底，但公安机构在处理案件的过程中，可能会保留一些与案件调查和处理有关的文件和信息。这些记录主要用于司法工作的需要，并不等同于案底，对个人的日常生活和就业通常也不会产生负面影响。然而，在一些特殊案件中，可能存在治安管理处罚相关的调查记录，这些记录在公安机关内部有一定存档，但与刑事犯罪案底有本质区别。

四、特殊情况下的考虑

在某些特定的自诉案件中，若被害人与被告人达成和解协议，被害人主动撤回起诉，且犯罪事实确实存在，只是基于被害人的意愿而撤案，严格来说行为人的行为依然构成犯罪。但由于没有经过法院的有罪判决，从通常所理解的“案底”（即犯罪记录）角度，可能不会在官方的犯罪记录档案中留下记录。然而，司法机关处理案件过程中形成的相关材料可能会有留存。

五、法律建议

1. 了解撤案的具体原因：如果案件被撤销，建议了解撤案的具体原因，以便更好地评估自己的法律状况。
2. 关注可能存在的民事责任：撤案并不意味着所有法律问题的终结。如果案件涉及财务纠纷或人身伤害等民事责任，当事人仍然可以通过民事诉讼等途径寻求法律救济。
3. 咨询专业律师：对于撤案后可能存在的法律问题或疑虑，建议直接向我咨询，以便获得更具体、更专业的法律建议。

综上所述，刑事案件撤案后一般不会留下案底，但公安机构可能会保留相关调查记录。同时，撤案并不意味着所有法律问题的终结，当事人仍需关注可能存在的民事责任和其他法律问题。