当别人驾驶您的车被扣了12分时，您需要按照以下步骤处理：
一、明确违章情况与责任人
查询违章记录：
- 您应首先通过交通管理部门的官方网站、APP或亲自前往交警大队，查询详细的违章记录。这些记录将包括违章时间、地点、违章代码、罚款金额以及是否有记录驾驶人信息等关键内容。
确定实际驾驶人：
- 根据违章记录，尝试确定具体的驾驶人。若能明确驾驶人，您应与其沟通，说明违章情况及可能后果，并要求其配合处理。
二、依法处理违章记录
驾驶人处理：
- 若驾驶人明确且同意配合，驾驶人需携带驾驶证、身份证及车辆行驶证至交警大队接受处罚，包括扣分和缴纳罚款。依据《中华人民共和国道路交通安全法》第一百一十四条，公安机关交通管理部门可根据交通技术监控记录资料对违法驾驶人进行处罚。
车主处理（驾驶人无法确定或拒绝配合）：
- 若驾驶人无法确定或拒绝配合，您作为车主可能需要先行承担违章责任，包括缴纳罚款和接受扣分。您应前往交通管理部门填写交通违法当事人自愿接受处罚确认书，并根据《中华人民共和国道路交通安全法》第一百零八条，在收到罚款行政处罚决定书之日起十五日内到指定银行缴纳罚款。
- 事后，您有权向实际驾驶人追偿，包括要求其承担罚款和因扣分可能产生的其他费用（如重新学习、考试的费用等）。
特殊情况处理：
- 对于电子眼抓拍违章，若无法确定驾驶人，您在处理时需谨慎。因为一旦您先行处理了违章，后续若发现实际驾驶人，处理过程可能会变得复杂。
- 注意地方政策差异，如某些地区对于同一驾驶人处理多辆非本人车辆违章或多名驾驶人处理同一车辆违章有重点监控，以防止买分卖分等违法行为。
三、驾驶证被扣12分的后续处理（针对驾驶人）
- 若驾驶证被扣12分的是实际驾驶人，而非您本人，那么驾驶人需按照《机动车驾驶证申领和使用规定》参加学习、考试，以重新获得驾驶资格。具体流程包括：
- 驾驶证被扣留。
- 在15日内到机动车驾驶证核发地或违法行为地的公安机关交通管理部门参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识学习。
- 学习结束后，在20日内参加道路交通安全法律、法规和相关知识（科目一）的考试。考试合格后，记分会被清除，并发还驾驶证；若考试不合格，则需继续参加学习和考试，直至合格为止。
四、后续管理与预防
加强车辆管理：
- 处理完违章后，您应加强对车辆的管理，避免再次发生类似情况。例如，可以限制借车人的驾驶资格、要求借车人提供担保等。
签订书面协议：
- 与借车人签订书面借车协议，明确双方在车辆使用过程中的权利和义务，特别是违章处理责任。这样可以在发生违章时，有明确的依据来划分责任。
定期查询违章信息：
- 养成定期查询车辆违章信息的习惯，及时发现并处理违章，避免积累过多造成麻烦。这可以通过交通管理部门的官方网站、APP或第三方查询平台实现。
关注保险问题：
- 了解车险条款，特别是关于驾驶人违法行为对保险赔偿的影响。在某些情况下，驾驶人的违法行为可能导致保险公司拒绝赔偿或降低赔偿比例。
总结与建议：
当别人驾驶您的车被扣了12分时，您应首先明确违章情况和责任人，然后依法处理违章记录。若驾驶人无法确定或拒绝配合，您可能需要先行承担责任，但事后有权向实际驾驶人追偿。同时，您应关注驾驶证被扣12分的驾驶人的后续处理流程，并加强车辆管理、签订书面协议、定期查询违章信息以及关注保险问题，以降低类似风险的发生。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。