宅基地上兄弟建房，老大分二层、老二分三层的协议可以按照以下要点来撰写：
协议标题与双方信息：
- 标题：明确为“宅基地建房分配协议”或类似名称。
- 双方信息：详细列出老大和老二的姓名、身份证号码、联系方式等基本信息。
宅基地基本情况：
- 描述宅基地的具体位置、面积、四至界限等。
- 说明宅基地的使用权归属，确认是兄弟共有还是基于家庭共有或其他法律关系。
建房情况与分配方案：
- 描述建房的整体规划，包括建筑风格、结构、层数等。
- 明确分配方案：老大分得第二层，老二分得第三层（以及可能的第一层或其他公共区域的使用权，如果有的话）。
- 说明各层的使用权范围，包括但不限于居住、出租、改造等权利。
权利与义务：
- 双方的权利：明确各自对所分配楼层的占有、使用、收益和处分的权利。
- 双方的义务：包括但不限于维护房屋结构安全、遵守物业管理规定、按时缴纳相关费用等。
- 特别说明：如果涉及公共区域的使用，应明确双方的使用规则和维护责任。
共有部分的处理：
- 如果房屋有共有部分（如楼梯、屋顶、外墙等），应明确共有部分的管理、使用和维护方式。
- 可以约定共有部分的使用费用分摊方式。
违约责任与争议解决：
- 约定如果一方违反协议应承担的责任，包括但不限于赔偿损失、恢复原状等。
- 约定争议解决方式，如协商、调解、仲裁或诉讼等。
协议变更与终止：
- 说明协议变更的条件和程序。
- 约定协议终止的情形，如房屋拆迁、双方协商一致等。
其他条款：
- 可以根据实际情况添加其他必要的条款，如协议的生效条件、份数、签署日期等。
示例协议条款（部分）：
宅基地建房分配协议
甲方（老大）：[姓名]，身份证号码：[身份证号]，联系方式：[电话号码]
乙方（老二）：[姓名]，身份证号码：[身份证号]，联系方式：[电话号码]
鉴于甲乙双方共同拥有位于[宅基地地址]的宅基地使用权，现经双方协商一致，就该宅基地上建房的分配事宜达成如下协议：
一、宅基地基本情况
宅基地位于[具体位置]，面积为[面积]平方米，四至界限为[详细描述]。
二、建房情况与分配方案
- 建房整体规划为[建筑风格、结构、层数等描述]。
- 甲方分得第二层，乙方分得第三层。双方对各自楼层享有占有、使用、收益和处分的权利。
三、权利与义务
- 双方应维护房屋结构安全，不得擅自改变房屋结构。
- 双方应遵守物业管理规定，按时缴纳相关费用。
- [其他权利与义务描述]
四、共有部分的处理
- 楼梯、屋顶、外墙等共有部分由双方共同管理、使用和维护。
- 共有部分的使用费用由双方按比例分摊。
五、违约责任与争议解决
- 如一方违反本协议，应承担赔偿损失、恢复原状等责任。
- 双方发生争议时，应首先通过协商解决；协商不成的，可提交[仲裁机构/法院]解决。
六、其他条款
- 本协议自双方签字（或盖章）之日起生效。
- 本协议一式两份，甲乙双方各执一份。
甲方（签字/盖章）：[签字/盖章]
乙方（签字/盖章）：[签字/盖章]
签署日期：[年月日]
在撰写协议时，请务必根据实际情况调整和完善条款内容，并建议双方在签署前咨询法律专业人士以确保协议的合法性和有效性。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。