结论：车子在高速应急车道行驶发生追尾事故，保险公司是否赔付需分情况讨论，主要取决于事故责任认定、保险条款约定以及是否存在法定或约定的免责情形。具体分析如下：

1. 应急车道行驶的违法性对赔付的影响
   根据《道路交通安全法实施条例》第八十二条，机动车在高速公路上行驶，非紧急情况时不得在应急车道行驶或停车。若车辆因非紧急情况占用应急车道导致追尾，可能被认定为违法驾驶行为。此时：

   • 交强险：通常会在责任限额内赔付第三方人身伤亡和财产损失，但若驾驶人存在故意或重大过失（如无证驾驶、酒驾等），保险公司可能主张追偿。
     
   • 商业险：需查看保险合同条款。若条款明确约定“违法驾驶导致的事故免责”，且保险公司能证明已尽到提示说明义务（如加粗字体、投保人签字确认），则可能拒赔；若未明确约定或未充分提示，保险公司仍需赔付。

2. 事故责任认定的关键作用
   交警出具的《事故责任认定书》是判定赔付比例的核心依据：

   • 若后车因未保持安全距离、疲劳驾驶等过错导致追尾，通常承担主要或全部责任，此时前车违法行驶可能作为减轻后车责任的情节，但不影响后车保险公司对前车损失的赔付（若在责任范围内）。
     
   • 若前车违法停车（如未设置警示标志）且后车无过错，前车可能承担全部责任，其自身损失需通过自身车损险赔付（若购买），后车无责时由前车交强险无责赔付限额内承担。

3. 保险公司的免责抗辩权
   保险公司可能主张以下免责情形：

   • 故意行为：如前车故意制造事故骗保。
     
   • 未及时报案：根据《保险法》第二十一条，投保人未及时通知导致事故性质、原因无法查明的，保险公司可能不承担赔付责任。
     
   • 车辆未年检或驾驶人无资质：若车辆未按规定年检或驾驶人无驾驶证，商业险可能拒赔。

建议行动：

1. 立即报警并保护现场，获取《事故责任认定书》；
   
2. 联系保险公司报案，配合定损和调查；
   
3. 保留医疗记录、维修发票等证据；
   
4. 若保险公司拒赔，可依据《保险法》第十七条（格式条款解释规则）或第二十三条（理赔时效规定）主张权利，必要时通过诉讼解决。
   

提示：应急车道是生命通道，非紧急情况占用不仅可能面临罚款、扣分，还会影响事故赔付。驾驶时应严格遵守交通规则，降低法律风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案件处理。