工程未竣工验收，建设单位进行改造一般是不合法的，但具体是否合法需根据实际情况和法律规定综合判断。以下从不同角度进行分析：

一、法律背景与规定

根据《中华人民共和国建筑法》第六十一条的规定：“交付竣工验收的建筑工程，必须符合规定的建筑工程质量标准，有完整的工程技术经济资料和经签署的工程保修书，并具备国家规定的其他竣工条件。建筑工程竣工经验收合格后，方可交付使用；未经验收或者验收不合格的，不得交付使用。”这一条款明确规定了建筑工程必须经过竣工验收合格后才能交付使用，未经验收或验收不合格的工程，不得进行后续的使用或改造。

二、未竣工验收进行改造的法律后果

1. 行政责任：如果建设单位在工程未竣工验收的情况下擅自进行改造，可能会面临行政主管部门的处罚，如责令改正、罚款等。这是因为建设单位的行为违反了建筑法的相关规定，扰乱了建筑市场的秩序。

2. 民事责任：若因未竣工验收的工程进行改造导致工程质量问题或安全事故，建设单位可能需要承担民事赔偿责任。这包括赔偿因工程质量问题导致的损失，以及因安全事故造成的人身伤害和财产损失等。

3. 刑事责任：在极端情况下，如果未竣工验收的工程进行改造导致重大安全事故，构成犯罪的，建设单位的相关责任人员还可能面临刑事追究。

三、特殊情况下的合法性判断

虽然一般情况下未竣工验收的工程进行改造是不合法的，但也存在一些特殊情况。例如，如果工程因特殊原因（如自然灾害、政策调整等）无法按时进行竣工验收，但建设单位为了保障工程安全或满足特定需求而进行了必要的改造。在这种情况下，建设单位应当及时向相关部门报告，并按照相关规定办理相关手续，以确保改造行为的合法性。

四、法律建议

1. 严格遵守法律规定：建设单位应当严格遵守建筑法的相关规定，确保工程在竣工验收合格后再进行后续的使用或改造。

2. 及时办理相关手续：如果因特殊原因需要进行改造，建设单位应当及时向相关部门报告，并按照规定办理相关手续，以确保改造行为的合法性。

3. 加强工程管理：建设单位应当加强工程管理，确保工程质量符合规定标准，避免因工程质量问题导致的法律风险。

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