在处理双方机动车事故中的主次责任理赔问题时，我们需要综合考虑事故责任比例、保险种类及赔付限额等多个因素。以下是一个详细且条理清晰的解答：
一、责任比例确定
首先，根据交通事故认定书明确事故双方的责任大小。在机动车之间的事故中，常见的主要责任方承担70%的责任，次要责任方承担30%的责任，但具体比例可能根据事故具体情况有所调整，范围可能在60%-90%与10%-40%之间。
二、赔偿项目与顺序
赔偿项目包括但不限于医疗费、误工费、护理费、交通费、住宿费、住院伙食补助费、营养费、残疾赔偿金、死亡赔偿金以及财产损失等。赔偿顺序如下：
交强险赔偿：
- 交强险是强制购买的保险，对被保险机动车发生道路交通事故造成的受害人（不包括本车人员和被保险人）的人身伤亡、财产损失，在责任限额内予以赔偿。
- 责任限额包括：死亡伤残赔偿限额18万元、医疗费用赔偿限额1.8万元、财产损失赔偿限额0.2万元。
- 发生事故时，先由交强险在上述责任限额内进行赔偿，不考虑事故责任比例。
超出交强险部分的赔偿：
- 超出交强险赔偿限额的部分，由事故双方按照责任比例分担。例如，若总损失为20万元，交强险赔偿后剩余6万元，主要责任方承担70%即4.2万元，次要责任方承担30%即1.8万元。
商业三者险赔偿：
- 如果事故车辆投保了商业三者险，超出交强险赔偿限额的部分还可以由商业三者险根据保险合同约定进行赔偿。
- 赔偿金额按照责任比例计算，如主要责任方投保了商业三者险，对于次要责任方的剩余损失，主要责任方的商业三者险应赔偿相应比例的损失。
个人赔偿部分：
- 当交强险和商业三者险的赔偿总额仍不足以弥补受害人全部损失时，剩余部分由事故责任方按照责任比例用个人财产进行赔偿。
三、特殊情况处理
机动车与非机动车或行人之间的事故：
- 机动车一方通常承担更高责任比例，主责时一般承担80%，次责时承担40%，具体比例需结合实际案情确定。
- 法律倾向于保护非机动车和行人等弱势群体。
机动车一方无过错：
- 若机动车一方无过错，仍需承担不超过10%的赔偿责任。
非机动车或行人故意碰撞：
- 若事故是由非机动车驾驶人、行人故意碰撞机动车造成的，机动车一方不承担赔偿责任。
四、争议解决途径
如果双方对赔偿问题存在争议，可以通过以下方式解决：
- 协商：双方自愿达成赔偿协议，明确各自的赔偿金额和支付方式。
- 调解：申请交通管理部门进行调解，以促成双方和解。
- 诉讼：若协商和调解均无法达成一致，受害方可向人民法院提起民事诉讼，要求责任方承担相应的赔偿责任。法院会根据事故认定书中的责任划分及相关法律法规作出公正判决。
五、注意事项
- 保留证据：如医疗记录、费用清单、收入证明等，以便在协商或诉讼过程中支持自己的主张。
- 了解法规：熟悉当地的法律法规和相关政策，确保自身权益得到充分保障。
- 及时报案：发生事故后，及时向保险公司报案，并按照保险公司的要求提供相关材料，以便顺利获得赔偿。
综上所述，双方机动车事故中的主次责任理赔是一个复杂且涉及多个因素的问题。在处理过程中，务必遵循明确的步骤和规则，确保赔偿的公平性和合理性。如果遇到复杂情况或争议，建议寻求专业律师的帮助。