在刑事案件中，关于微信等通讯工具是否会被侦查机关进行调查或监听，这确实是一个涉及公民通信自由和通信秘密保护的重要问题。以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们要明确的是，我国《中华人民共和国宪法》明确规定了公民的通信自由和通信秘密受法律保护。这意味着，除非在特定情况下并依照法律规定的程序，否则任何组织或个人都不得侵犯这一权利。

一、特定情形下的合法调查或监听

1. 案件范围：

   • 在危害国家安全犯罪、恐怖活动犯罪、黑社会性质的组织犯罪、重大毒品犯罪或其他严重危害社会的犯罪案件中，侦查机关可能会根据侦查犯罪的需要，采取技术侦查措施，这包括调查或监听微信等通讯工具。这些措施的目的是为了及时获取犯罪信息，阻止犯罪行为的发生，并保护社会公共利益。

2. 批准程序：

   • 采取调查或监听等技术侦查措施，必须经过严格的审批流程。公安机关或检察机关需要根据案件的具体情况，向上级相关部门提出申请，并经过层层审查和批准。这一程序的设置是为了确保调查或监听行为的合法性、必要性和正当性，从而防止权力滥用和侵犯公民合法权益。

3. 证据收集：

   • 在一些重大刑事案件中，如果其他侦查手段难以获取关键证据，而调查或监听微信等通讯工具可能有助于查明案件事实、获取犯罪证据，那么在符合法定程序的前提下，侦查机关也可能会采取这一措施。这有助于为后续的定罪量刑提供有力支持，确保司法公正和效率。

二、普通刑事案件中的情况

对于普通的刑事案件，如果没有涉及上述特定情形，侦查机关一般不会轻易采取调查或监听微信等通讯工具的措施。他们会遵循法律原则和程序，采用其他合法的侦查手段来调查案件，如询问证人、勘验现场、调取监控录像等。

三、公民应如何保护自己的权益

如果您担心自己的微信等通讯工具被调查或监听，首先要明确自己是否涉及上述特定类型的犯罪案件。同时，您也可以采取一些措施来保护自己的个人信息和隐私安全，如：

• 定期更换密码，增加账户安全性；
• 使用加密通讯方式，如端到端加密的聊天应用；
• 谨慎分享个人信息，避免在不可信的平台上透露敏感信息；
• 如果确实存在疑虑或担忧，可以咨询专业的法律人士以获取更准确的法律建议和帮助。

综上所述，微信等通讯工具在刑事案件中是否会被调查或监听，取决于案件的具体情况和侦查机关的判断。但无论如何，侦查机关都必须严格遵守法律规定和程序，确保不侵犯公民的合法权益。同时，公民也应加强自我保护意识，维护自己的隐私权和通信自由。