面对“父子关系中父亲打儿子怎么办”这一问题，首先需要明确的是，父亲打儿子是违法行为，且可能构成家庭暴力。家庭暴力是法律明确禁止的行为，无论出于何种原因，都不应该成为施暴的理由。
接下来，我们根据伤害程度来详细分析可能面临的法律后果：
轻微伤害：
- 如果父亲的殴打行为仅造成儿子轻微皮外伤，或者未对儿子造成明显的身体伤害及严重精神损害，那么通常公安机关会对父亲进行批评教育、告诫，并可能要求其签署保证书，承诺不再实施类似行为。这种情况下，虽然情节较轻，但已经构成了违法行为，需要引起足够的重视。
较重伤害：
- 如果父亲的殴打行为导致儿子轻伤及以上伤害，那么这就涉嫌故意伤害罪。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，故意伤害他人身体的，可处三年以下有期徒刑、拘役或者管制。如果伤害后果特别严重，如致人重伤、死亡，那么刑罚将更为严厉，直至无期徒刑或死刑。
长期虐待：
- 如果父亲长期、频繁地对儿子实施殴打、体罚等虐待行为，且情节恶劣，那么这就构成了虐待罪。根据《刑法》的相关规定，虐待家庭成员，情节恶劣的，可处二年以下有期徒刑、拘役或者管制。如果虐待行为导致儿子重伤、死亡，那么刑罚将更为严厉，直至七年以上有期徒刑。
在处理此类案件时，法院会综合考虑多方面因素来确保判决的公正性，包括：
- 动机与情节：法院会考察父亲的打人动机和具体情节，以区分是出于教育目的下的轻微体罚，还是恶意报复等非法目的。
- 受害者意愿：虽然儿子的原谅可能在一定程度上影响量刑，但法律对家庭暴力持零容忍态度，这并不影响对违法行为的认定。
- 认罪态度与前科：如果父亲能够主动认罪、悔罪，并积极赔偿儿子的损失，那么可能会获得从宽处理。相反，如果有前科记录或者态度恶劣，那么将面临更严厉的处罚。
此外，如果儿子因父亲的伤害行为遭受了经济损失，如医疗费、护理费等，那么儿子或其法定代理人有权提起附带民事诉讼，要求父亲承担相应的民事赔偿责任。
总结与建议：
面对家庭暴力，无论是儿子还是其他家庭成员，都应该勇敢地站出来寻求法律保护。可以及时向公安机关报案，或者向当地妇联、居委会等组织寻求帮助。同时，也可以考虑咨询专业律师，了解自己的法律权益和可能的救济途径。家庭暴力不是家务事，而是违法行为，需要全社会共同努力来预防和制止。