关于公司投资设立新公司需三分之二股东同意的规定是否有效，这主要取决于该规定是否符合公司章程或相关法律法规的要求，具体分析如下：

1. 若规定符合公司章程：

   • 有效性：根据《中华人民共和国公司法》及相关司法实践，公司章程是公司内部的“宪法”，对全体股东具有约束力。如果公司章程中明确规定了公司投资设立新公司需经三分之二以上股东同意，那么这一规定是有效的。
   • 法律依据：公司章程可以自主约定公司重大事项的决策程序，包括但不限于投资、担保、增减资等。只要该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，即具有法律效力。

2. 若规定不符合公司章程或相关法律法规：

   • 无效性：如果公司章程中并未规定此类决策需经三分之二以上股东同意，或者该规定违反了法律、行政法规的强制性规定（如侵犯了小股东的合法权益），则该规定是无效的。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国公司法》第二十二条，公司股东会或者股东大会、董事会的决议内容违反法律、行政法规的无效。股东会或者股东大会、董事会的会议召集程序、表决方式违反法律、行政法规或者公司章程，或者决议内容违反公司章程的，股东可以自决议作出之日起六十日内，请求人民法院撤销。

3. 特殊情况下的考虑：

   • 股东协议：除了公司章程外，股东之间还可能签订股东协议，对特定事项的决策程序进行约定。如果股东协议中规定了公司投资设立新公司需经三分之二以上股东同意，且该协议不违反法律、行政法规的强制性规定，那么这一规定在股东之间也是有效的。
   • 法律法规的强制性规定：在某些情况下，法律法规可能对公司投资设立新公司的决策程序有强制性规定。例如，对于某些特定类型的公司（如上市公司），其投资决策可能需遵循更严格的程序和披露要求。在这种情况下，公司章程或股东协议中的规定不得违反这些强制性规定。

法律建议：

• 在制定或修改公司章程时，应充分考虑公司投资设立新公司的决策程序，确保符合法律法规的要求，并平衡各股东的利益。
• 如果公司章程或股东协议中已有相关规定，应确保所有股东都了解并同意这些规定，以避免后续纠纷。
• 在进行公司投资设立新公司的决策时，应严格按照公司章程或股东协议的规定进行，确保决策程序的合法性和有效性。

可能后果：

• 如果公司未按照公司章程或股东协议的规定进行决策，可能导致决策无效或被撤销，进而影响公司的正常运营和股东的利益。
• 如果公司决策违反了法律法规的强制性规定，可能面临行政处罚或法律诉讼等风险。

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