股东出资不到位的举证责任，主要涉及对内（公司及其他股东）和对外（公司债权人）两个层面，以下是对此问题的详细分析：
一、对内责任中的举证责任
补足出资责任的举证：
- 公司举证：公司需证明股东未按照公司章程规定的时间、金额和方式足额缴纳出资。这通常通过公司章程、股东名册、出资证明书、银行转账记录等文件来证明。
- 股东反驳：若股东主张已履行出资义务，则需提供相反证据，如出资转账凭证、出资财产权属变更证明等，以证明其已按约定完成出资。
违约责任的举证：
- 守约股东举证：已按期足额出资的股东，若主张未出资股东承担违约责任，需证明双方存在出资期限及违约条款的约定，以及未出资股东未履行或未全面履行出资义务的事实。
- 未出资股东反驳：未出资股东可举证证明存在不可抗力、公司章程变更等免责事由，或提供证据证明已部分履行出资义务，以减轻或免除违约责任。
损害赔偿责任的举证：
- 受损股东举证：若出资不到位导致公司运营受阻、信誉受损等，进而给其他股东造成损失，受损股东需证明损失的存在、损失与出资不到位之间的因果关系，以及出资不到位股东的过错程度。
- 出资不到位股东反驳：出资不到位股东可举证证明损失非因其出资不到位所致，或已采取合理措施防止损失扩大等，以减轻或免除赔偿责任。
二、对外责任中的举证责任
对公司债权人的补充赔偿责任的举证：
- 债权人举证：当公司财产不足以清偿债务时，债权人需证明股东存在出资不到位的事实，以及该事实与公司无法清偿债务之间的因果关系。这通常通过公司财务报表、审计报告、股东出资记录等文件来证明。
- 股东反驳：股东可举证证明其已履行出资义务，或公司无法清偿债务非因其出资不到位所致，如提供出资转账凭证、公司资产状况证明等。
连带责任的举证：
- 债权人举证：若公司设立时存在出资瑕疵，且该瑕疵导致公司无法清偿债务，债权人需证明出资瑕疵股东与公司设立时的其他股东存在共同过错或故意，以及该过错或故意与债权人损失之间的因果关系。
- 股东反驳：出资瑕疵股东可举证证明其不存在过错或故意，或已采取合理措施防止损失扩大等，以减轻或免除连带责任。
三、行政与刑事责任中的举证责任
行政处罚的举证：
- 行政机关举证：公司登记机关在查处虚假出资或未按期交付出资的行为时，需证明股东存在出资不到位的事实，以及该事实违反了相关法律法规的规定。这通常通过公司登记档案、股东出资记录、审计报告等文件来证明。
- 股东反驳：股东可举证证明其已履行出资义务，或存在免责事由等，以减轻或免除行政处罚。
刑事责任的举证：
- 检察机关举证：若股东出资不到位的行为构成犯罪，如虚假出资、抽逃出资罪，检察机关需证明股东存在故意或重大过失，以及该行为造成了严重后果或具有其他严重情节。这通常通过证人证言、物证、书证、鉴定意见等证据来证明。
- 股东反驳：股东可举证证明其不存在故意或重大过失，或行为未造成严重后果等，以减轻或免除刑事责任。
总结与建议：
股东出资不到位的举证责任涉及多个层面和多个主体。在处理此类纠纷时，建议各方均积极收集、整理相关证据，以证明各自的主张或反驳对方的指控。同时，鉴于法律程序的复杂性和专业性，若您面临此类纠纷，可直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供针对性的法律建议和解决方案。