结论：不经股东会议同意做出的公司财产抵顶转让协议的效力并非绝对有效或无效，而是取决于多种因素，包括公司类型、转让方式（对内或对外）、是否侵犯其他股东优先购买权以及受让人是否善意等。以下是对此问题的详细分析：

一、有限责任公司的情况

1. 内部转让（股东之间）：

   • 根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权，无需经过股东会议同意。因此，如果公司财产抵顶转让协议是在股东之间进行的，且符合公司章程的规定，那么该协议通常是有效的。

2. 外部转让（向非股东转让）：

   • 当股东向股东以外的人转让股权时，应当将股权转让的数量、价格、支付方式和期限等事项书面通知其他股东，并保障其他股东在同等条件下的优先购买权。如果未经股东会议同意，且未履行上述通知义务或侵犯了其他股东的优先购买权，那么该协议可能面临被撤销或认定无效的风险。然而，如果受让人为善意且已办理相关变更登记手续，可能构成善意取得，此时其他股东只能向转让人主张赔偿。

二、股份有限公司的情况

• 在股份有限公司中，股东持有的股份原则上可以自由转让，无需经过股东会议同意。因此，如果公司财产抵顶转让协议涉及的是股份有限公司的股份转让，且符合公司章程和法律法规的规定，那么该协议通常是有效的。但需注意，如果公司章程对股份转让有特殊限制，或者转让行为违反了法律法规的强制性规定（如内幕交易等），则该协议可能无效。

三、合同法的视角

• 从合同法的角度来看，只要双方具有民事行为能力，意思表示真实，且不违反法律、行政法规的强制性规定，公司财产抵顶转让协议即为有效。然而，有效并不意味着能够顺利履行。如果协议违反了《公司法》或公司章程的规定，可能面临履行障碍或被撤销的风险。

四、实践中的考量

• 在实践中，即使公司财产抵顶转让协议未经股东会议同意，但如果其他股东未在规定期限内提出异议，且受让人已实际履行出资义务等，该转让行为可能被认定为有效。但这存在法律风险，不能确保绝对有效性。因此，在签订此类协议时，务必确保符合法律法规和公司章程的规定，以降低法律风险。

五、综合建议

1. 审查公司章程：在签订公司财产抵顶转让协议前，务必仔细审查公司章程对股权转让的具体规定，以确保协议符合章程要求。
2. 履行法定程序：对于有限责任公司，特别是涉及对外转让时，务必履行通知义务并妥善处理优先购买权问题。对于股份有限公司，也应关注特殊限制条件。
3. 咨询专业律师：由于公司财产抵顶转让协议涉及复杂的法律问题，建议在签订前咨询专业律师以获取准确的法律意见和指导。

法律依据：

• 《中华人民共和国公司法》第七十一条：有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权；不购买的，视为同意转让。经股东同意转让的股权，在同等条件下，其他股东有优先购买权。两个以上股东主张行使优先购买权的，协商确定各自的购买比例；协商不成的，按照转让时各自的出资比例行使优先购买权。公司章程对股权转让另有规定的，从其规定。
• 《中华人民共和国公司法》第一百三十七条：股东持有的股份可以依法转让。

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