结论：车辆停在汽修厂被水淹，保险公司是否拒赔需分情况讨论，具体取决于保险类型、事故原因及合同条款。以下是详细分析：

1. 若投保“机动车损失保险”（车损险）

• 通常可赔：车损险覆盖因自然灾害（如暴雨、洪水）或意外事故导致的车辆损失。若车辆在汽修厂停放期间因水淹受损，且无免责情形（如故意行为、未年检等），保险公司应承担赔偿责任。
• 例外情形：若水淹系汽修厂操作不当（如未妥善保管车辆导致进水），可能涉及第三方责任，此时需先向汽修厂主张赔偿，保险公司赔付后可能行使代位求偿权。

2. 若未投保车损险，仅投保“交强险”或“第三者责任险”

• 不赔：交强险和第三者责任险仅赔偿因车辆使用导致他人人身或财产损失，不覆盖本车损失。因此，车辆被水淹的损失无法通过此类保险获得赔偿。

3. 关键免责条款需注意

• 合同约定：部分保险合同可能将“停放期间因自然原因导致的损失”列为免责范围，但此类条款需以显著方式提示投保人（如加粗、单独说明），否则可能被认定为无效。
• 举证责任：若保险公司拒赔，需证明损失属于免责范围（如提供合同条款、事故调查报告等）。若无法证明，车主可主张赔偿。

4. 实务建议

• 立即报案：发生水淹后，车主应第一时间联系保险公司并保留现场照片、视频等证据。
• 核对保单：检查保险合同中关于“水淹损失”的约定，确认是否属于保险责任。
• 协商或诉讼：若保险公司无理拒赔，可通过协商、投诉（如向银保监会）或诉讼途径维护权益。

总结：车辆在汽修厂被水淹，保险公司是否拒赔需结合保险类型、合同条款及事故原因综合判断。建议车主优先核对保单并保留证据，必要时寻求法律帮助。如有进一步疑问，可直接向我咨询。