当公司申请破产时，处理所欠的工程款需要遵循一系列的法律程序和规定。以下是对这一问题的详细解答：
一、债权性质与申报
债权性质：在公司申请破产的情况下，所欠的工程款通常被视为普通破产债权。但需要注意的是，如果建设工程合同中明确约定了建设工程价款优先受偿，或者工程款设有其他担保（如抵押、质押），那么该工程款债权可能享有优先受偿权。
债权申报：根据《企业破产法》，债权人需要在人民法院受理破产申请后规定的期限内（最短不少于三十日，最长不超过三个月）向管理人申报债权。申报时，必须提供能够证明债权存在及金额的相关证据，如施工合同、工程验收文件、结算单等。这些文件能够明确双方关于工程的约定、工程已完成且合格的情况，以及工程款的具体数额。
二、破产财产清偿顺序
进入破产程序后，破产财产会按照法定顺序进行清偿。具体顺序如下：
优先清偿破产费用和共益债务：这是为了保障破产程序顺利进行而产生的费用。
清偿职工工资、社保费用和税款：保障职工的基本权益和国家的税收权益。
清偿普通破产债权：包括所欠的工程款。如果破产财产足够，工程款能按比例受偿；如果财产不足以清偿全部普通债权，则同样按比例分配。
三、股东责任追究
如果有证据证明公司股东存在出资不实、抽逃出资等行为，债权人可以要求股东在未出资范围内对公司债务承担连带清偿责任。这一规定为债权人提供了额外的保障，以确保工程款的受偿。
四、权益保障与争议解决
密切关注债权申报期限：债权人应确保在规定的期限内及时申报债权，以免错过申报机会。
提出异议与表达意见：如果债权人认为自己的权益被忽视或处理不当，可以向管理人提出异议，或在债权人会议上表达意见。
依法提起诉讼：在必要时，债权人可以依法向法院提起诉讼，以维护自身的合法权益。
综上所述，处理公司申请破产时所欠的工程款需要遵循法定程序，并密切关注各个环节的进展。债权人应积极申报债权，并根据债权的性质和担保情况争取实现自己的债权。同时，了解并善用法律赋予的优先受偿权等权益保障机制，对于维护自身合法权益至关重要。