针对您不小心闯了两次红灯但都停下来了是否会扣分的问题，我的结论是：这种情况是否扣分取决于具体是否被认定为闯红灯或越线停车，不同情况下的处罚标准不同。以下是对此问题的详细分析：
闯红灯的认定与处罚
- 认定标准：闯红灯的判定通常依赖于电子眼抓拍的三张照片证据，即车辆驶过停止线、车辆到达路中间、车辆到达对面路口。这三张照片齐备时，方可认定为闯红灯。但也有观点认为，只要车辆在驶过停止线后还有明显的移动，就可能被认定为闯红灯，不过这一观点需结合实际情况和当地执法尺度综合判断。
- 处罚依据：根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十条及《道路交通安全违法行为记分管理办法》规定，驾驶机动车违反道路交通信号灯通行的，一次记6分，并处警告或者二十元以上二百元以下罚款。
- 针对您的情况：如果您虽然闯了红灯但及时停下，且未继续行驶至对面路口，那么可能不会被认定为完整的闯红灯行为，但具体还需看电子眼抓拍的情况和当地交警的执法尺度。
越线停车的认定与处罚
- 认定标准：红灯亮起时，如果车辆前轮已经越过停止线，但车主及时停车并未继续行驶，这种情况通常会被认定为越线停车。越线停车的关键在于车辆是否在红灯亮起后继续移动，并影响了其他方向车辆的正常通行。
- 处罚依据：依据《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》第五十一条，机动车通过有交通信号灯控制的交叉路口时，遇停止信号应依次停在停止线以外；没有停止线的，应停在路口以外。根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十条及《道路交通安全违法行为记分管理办法》规定，行经交叉路口不按规定行车或者停车的，一次记2分，并处警告或者二十元以上二百元以下罚款。
- 针对您的情况：如果您闯红灯后及时停下，且未继续行驶影响其他车辆通行，那么更可能被认定为越线停车，而非完整的闯红灯行为。但同样，具体还需看当地交警的执法尺度和实际情况。
实际执法中的差异与应对
- 各地对于交通违法行为的具体认定和执法尺度可能存在一定差异。因此，在处理此类情况时，需结合当地的执法实践和具体规定来判断。
- 如果您收到交通违法通知并对处罚结果有异议，可以在规定时间内申请行政复议，提供相关证据（如行车记录仪视频、现场照片等）以维护自己的合法权益。
总结与建议：
- 闯红灯和越线停车都是违反交通规则的行为，但处罚标准不同。闯红灯的处罚更重，一次记6分并罚款；而越线停车则一次记2分并罚款。
- 您的情况是否扣分取决于具体是否被认定为闯红灯或越线停车，以及当地交警的执法尺度。
- 为避免不必要的麻烦和安全隐患，建议您在驾驶过程中始终保持高度注意力，严格遵守交通规则。遇到红灯时应及时停车等待，确保行车安全。
- 如果您对交通违法处罚有异议或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。