结论前置：在立案时债务尚未清偿完毕，但在开庭前债务人已还清全部款项的情况下，债权人可以采取撤诉的方式处理，同时债务人也有权要求债权人出具结清证明。以下是对此问题的详细分析：
一、债权人的处理方式
撤诉：
- 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，原告在宣判前有权申请撤诉。在此情况下，由于债务人已在开庭前还清全部款项，债权人的诉讼请求已得到满足，因此债权人可以向法院申请撤诉。
- 操作流程：债权人需向法院提交撤诉申请书，说明撤诉的理由和事实依据。法院在审查后，若认为撤诉申请符合法律规定，将裁定准予撤诉。
继续诉讼的风险：
- 若债权人在债务人已还清款项的情况下仍坚持继续诉讼，可能面临法院驳回诉讼请求的风险。因为此时债权人的诉讼请求已无事实依据，法院不会支持其诉求。
二、债务人的权益保障
要求出具结清证明：
- 重要性：债务人还清款项后，应要求债权人出具结清证明，以证明双方之间的债权债务关系已消灭。这有助于债务人避免未来可能出现的纠纷。
- 操作建议：债务人可以与债权人协商，要求其出具书面结清证明，并加盖公章或签字确认。若债权人拒绝出具，债务人可以保留还款凭证等相关证据，以备不时之需。
反诉或抗辩：
- 情况说明：若债权人在债务人已还清款项的情况下仍坚持诉讼，并要求债务人承担额外费用或责任，债务人可以在诉讼中提出反诉或抗辩，要求法院驳回债权人的不合理诉求。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，被告有权在诉讼中提出反诉或抗辩，以维护自己的合法权益。
三、实际操作中的注意事项
保留证据：
- 无论是债权人还是债务人，都应保留好与案件相关的所有证据，如借款合同、还款凭证、结清证明等。这些证据在诉讼中具有重要作用，有助于证明各自的主张。
及时沟通：
- 在案件处理过程中，债权人和债务人应保持及时沟通，就还款情况、撤诉意愿等事项进行协商。这有助于减少纠纷和矛盾，促进案件的顺利解决。
寻求法律帮助：
- 若双方在处理案件过程中遇到法律难题或争议点，可以寻求专业律师的帮助。律师可以提供法律咨询和诉讼代理服务，帮助双方更好地维护自己的合法权益。
最后建议：在处理此类案件时，债权人和债务人都应保持冷静和理性，通过合法途径解决纠纷。若您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将竭诚为您提供专业的法律服务。