已过试用期，公司以试用期不通过为由要求员工自己离职是不合法的。以下从多个角度为你详细分析：
法律依据
试用期期限与解除条件：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，试用期是用人单位与劳动者相互了解、协商和选择的过程。在试用期内，如果劳动者被证明不符合录用条件，用人单位可以解除劳动合同。但这一权利仅限于试用期内行使。
- 一旦试用期结束，劳动者即成为正式员工，享有与正式员工同等的权益。此时，用人单位不能再以试用期间不符合录用条件为由解除劳动合同。
违法解除劳动合同的法律后果：
- 如果用人单位在试用期后以试用期不合格为由要求员工离职，这违反了法律规定。员工有权拒绝，并可采取法律措施维护自己的权益，包括向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼。
- 用人单位可能因此承担违法解除劳动合同的法律责任，包括但不限于支付赔偿金。赔偿金的计算依据员工在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准，六个月以上不满一年的按一年计算，不满六个月的支付半个月工资的经济补偿。
具体分析
违反法定程序：
- 试用期结束后才提出“试用期不通过”是不符合法律规定的。因为试用期的考核和决定应在试用期内完成，用人单位应在试用期内对员工进行全面评估，并在试用期结束前作出是否继续聘用的决定。
属于违法解除劳动合同：
- 试用期结束后，用人单位没有合法依据试图解除与员工的劳动合同关系，这属于违法解除劳动合同。用人单位需承担法律责任，包括支付经济补偿标准的二倍作为赔偿金。
员工应对措施
与公司协商：
- 首先尝试与公司协商，要求纠正错误行为并继续履行劳动合同。在协商过程中，可以明确指出公司的行为违反了法律规定，并要求公司给出合理的解释和解决方案。
申请劳动仲裁：
- 若协商不成，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。在申请仲裁时，需要提供相关证据证明公司的行为违法，如劳动合同、试用期考核记录、公司通知离职的书面材料等。仲裁委员会将依法进行裁决，维护员工的合法权益。
提起诉讼：
- 对仲裁裁决不服的，还可向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，需要提供充分的证据证明公司的行为违法，并请求法院判决公司承担相应的法律责任。
合法辞退程序建议（供公司参考）
明确录用条件：
- 用人单位在招聘时应明确告知劳动者录用条件，包括岗位职责、技能要求、工作表现等，为后续考核提供明确的参考标准。
完善考核制度：
- 建立公正、客观、透明的考核制度，确保考核结果的准确性和可信度。同时，保留好考核记录和相关证据，以备不时之需。
依法辞退员工：
- 在辞退员工时，用人单位应遵守相关法律法规，确保辞退决定的合法性和程序性。如果员工对辞退决定有异议，应积极与员工进行沟通协商，或通过劳动争议调解仲裁等途径解决争议。
综上所述，已过试用期后，公司以试用期不通过为由要求员工自己离职是违法的。作为员工，应了解自己的权益，并在遇到类似情况时积极采取措施维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。