结论：居间费以工资代发是否合法，需根据具体情况判断，一般情况下不合法，但在特定条件下可能被视为合法。以下从不同角度详细分析：
一、居间费与工资的法律性质
居间费：根据《中华人民共和国民法典》第九百六十一条，居间合同是居间人向委托人报告订立合同的机会或者提供订立合同的媒介服务，委托人支付报酬的合同。居间费是居间人因提供居间服务而获得的报酬，其性质属于服务费或佣金。
工资：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资是劳动者因提供劳动而获得的报酬，是劳动者与用人单位之间基于劳动关系而产生的。工资的支付通常与劳动者的工作时间、工作量、工作成果等直接相关。
二、居间费以工资代发的合法性分析
一般情况下不合法：
- 居间费与工资在法律性质上存在明显差异。居间费是基于居间合同产生的，而工资是基于劳动关系产生的。
- 如果居间人并非用人单位的员工，或者居间服务并非用人单位业务的一部分，那么将居间费以工资形式支付可能构成对工资性质的误用，违反了相关法律法规的规定。
- 此外，如果居间费以工资形式支付，可能涉及税务问题。居间费作为服务费或佣金，其税务处理方式与工资不同。如果错误地将居间费作为工资支付，可能导致税务申报和缴纳的错误，从而引发税务风险。
特定条件下可能合法：
- 如果居间人同时是用人单位的员工，且居间服务是其工作职责的一部分，那么在这种情况下，将居间费以工资形式支付可能被视为合法。但这种情况较为特殊，需要满足多个条件，如居间人必须是用人单位的员工、居间服务必须是其工作职责的一部分、且用人单位有明确的规章制度或合同约定等。
- 即使满足上述条件，用人单位也需要确保居间费的支付符合相关法律法规的规定，如税务申报和缴纳等。
三、法律建议
对于用人单位：
- 明确区分居间费和工资的法律性质，避免将居间费以工资形式支付。
- 如果确实需要支付居间费，应与居间人签订居间合同，并明确约定居间费的支付方式、金额和税务处理方式等。
- 遵守相关法律法规的规定，确保居间费的支付合法合规。
对于居间人：
- 了解居间费和工资的法律性质差异，确保自己的权益不受侵害。
- 如果与用人单位签订居间合同，应仔细阅读合同条款，明确约定居间费的支付方式、金额和税务处理方式等。
- 在收到居间费时，应要求用人单位提供合法的税务发票或相关证明文件，以确保自己的税务合规。
四、可能的法律后果
如果居间费以工资代发被认定为违法：
- 用人单位可能面临税务处罚、劳动行政处罚等风险。
- 居间人可能面临税务风险，如需要补缴税款、滞纳金和罚款等。
如果居间费以工资代发被认定为合法：
- 用人单位和居间人应继续遵守相关法律法规的规定，确保居间费的支付合法合规。
- 双方应保留好相关证据和文件，以备不时之需。
有问题可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。