自然人股东代表因嫖娼被行政处罚的，需根据其身份性质及公司章程规定，可能面临公司内部治理层面的处理，但不会直接导致股东资格丧失。具体分析如下：

一、股东资格的存续性不受行政处罚直接影响

根据《公司法》及相关司法解释，股东资格的取得与丧失主要基于出资行为或法定事由（如抽逃出资、滥用权利损害公司利益等）。嫖娼属于违反《治安管理处罚法》的行政违法行为，不构成剥夺股东资格的法定理由。即使股东被处以行政拘留，其股东身份仍受法律保护，公司不得仅以此为由单方解除其股东资格。

二、公司内部治理层面的可能处理

1. 章程约束
   若公司章程明确规定“股东因违法犯罪被处罚的，公司有权限制其权利或解除资格”，则需按章程执行。但此类条款需符合《民法典》第143条规定的“不违反法律、行政法规的强制性规定”要件，否则可能被认定无效。

2. 股东权利限制
   公司可通过股东会决议，对涉事股东的表决权、分红权等权利进行临时限制（如暂停分红直至处罚期满），但需遵循《公司法》第42条规定的“按出资比例行使表决权”原则，不得完全剥夺其股东权利。

3. 职务解除
   若该股东同时担任公司董事、监事或高管，公司可依据《公司法》第146条或第151条，以“违反忠实义务”或“损害公司利益”为由，通过股东会决议解除其职务。但需注意，职务解除不等于股东资格剥夺，其仍可保留股东身份。

三、刑事风险延伸提示

若嫖娼行为涉及组织、介绍卖淫等犯罪（如《刑法》第358条、第359条），则可能引发刑事责任。此时，公司可依据《公司法》第146条“个人所负数额较大的债务到期未清偿”或“担任破产清算公司董事且对破产负有个人责任”等条款，主张其“不具备担任董事、监事、高级管理人员的资格”，但同样不涉及股东资格剥夺。

四、实务建议

1. 公司层面：建议修订章程，明确股东违法行为的处理规则（如限制权利、暂停分红等），并确保程序合法。
   
2. 股东层面：若面临内部处理，可主张程序违法（如未召开股东会、未提前通知等）或条款无效（如违反公序良俗）。
   
3. 合规提示：股东应避免因个人违法行为引发公司治理风险，公司亦需通过合法程序维护内部秩序。

如有具体案例或章程条款需分析，可直接提供细节进一步探讨。