刑事立案后若案件成为疑案（即证据不足、事实不清或无法确定犯罪嫌疑人等情形），处理方式需结合案件具体情况和法律程序进行，以下是核心结论及分情况说明：

1. 补充侦查与继续调查
   根据《刑事诉讼法》第175条，公安机关或检察机关在侦查阶段发现证据不足时，可退回补充侦查（最多两次，每次一个月）。若通过补充侦查仍无法达到起诉条件，检察机关可能作出存疑不诉决定（即证据不足不起诉），此时案件终止，但若后续发现新证据可重新启动程序。
   关键点：补充侦查需围绕关键证据缺口展开，例如物证鉴定、证人复核、电子数据恢复等，需确保程序合法性。

2. 撤销案件与终止侦查
   若公安机关在侦查过程中确认无犯罪事实、犯罪事实非嫌疑人所为，或证据显示不应追究刑事责任（如已过追诉时效、嫌疑人死亡等），可依据《公安机关办理刑事案件程序规定》第186条撤销案件，并制作《撤销案件决定书》通知相关人员。
   例外情形：若案件涉及国家利益、公共利益，即使撤销也可能留存档案备查。

3. 法院审理阶段的疑案处理
   若案件进入审判阶段，法院经审查认为证据不足、不能认定被告人有罪的，应依据《刑事诉讼法》第200条作出无罪判决（即“疑罪从无”原则）。
   注意：无罪判决分为“证据不足无罪”和“绝对无罪”，前者可能因新证据出现而重启审判，后者则彻底终结刑事责任。

4. 特殊程序适用

   • 技术侦查措施：对重大疑难案件，可依法申请延长侦查期限或使用技术侦查手段（如监控、密录等），但需严格审批并遵守期限限制。
     
   • 专家辅助人制度：涉及专业领域（如财务、医疗、网络技术）的疑案，可聘请专家协助分析证据，增强事实认定的科学性。

实务建议：

• 若您是嫌疑人或家属，可主动向办案机关提交无罪证据或线索，申请取保候审或监视居住，避免长期羁押。
  
• 若您是被害人，可要求检察机关说明不立案或不起诉理由，并依法申请复议、复核或向法院提起自诉。
  
• 疑案处理中，证据的合法性、关联性、客观性是核心，需重点关注侦查程序是否合规（如讯问同步录音录像、物证提取记录等）。

如有具体案件细节（如案件类型、所处阶段、关键证据争议点等），可进一步向我咨询，我会结合实务经验为您分析处理路径。