基本结论：基本农田确权到别人院里，该确权证是否合法不能一概而论，需要结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、确权程序合法性角度
- 确权程序合规则合法
- 如果在基本农田确权过程中，严格遵循了国家关于农村土地确权的相关法律法规和政策规定，包括土地权属调查、地籍测量、公示公告、登记发证等一系列法定程序，且确权对象符合相关规定，那么即使该基本农田被确权到别人院里（这里假设存在合理合法的流转、调整等情形），该确权证也是合法的。
- 例如，某村因规划调整，经村民会议或村民代表会议讨论决定，并报经相关部门批准，将部分基本农田进行了合理调整，调整后的土地确权给符合条件的村民，这种情况下确权证就是合法的。
- 确权程序违规则不合法
- 若在确权过程中，没有按照法定程序进行，如未进行充分的土地权属调查、未进行公示公告、未经村民会议或村民代表会议讨论决定等，或者存在弄虚作假、徇私舞弊等行为，那么即使确权证已经颁发，也是不合法的。
- 例如，个别村干部为了个人私利，未经合法程序，擅自将基本农田确权到特定人员名下，这种确权证显然是不合法的。
二、确权对象合法性角度
- 确权对象符合规定则合法
- 基本农田的确权对象应当是符合法律法规规定的农村集体经济组织成员或依法取得土地使用权的单位和个人。如果确权对象符合这些规定，且土地来源合法，那么确权证就是合法的。
- 例如，某村民通过合法继承、流转等方式取得了基本农田的使用权，并按照规定进行了确权登记，这种情况下确权证是合法的。
- 确权对象不符合规定则不合法
- 如果确权对象不符合法律法规规定，如非农村集体经济组织成员、未依法取得土地使用权等，那么即使确权证已经颁发，也是不合法的。
- 例如，城市居民通过不正当手段取得了农村基本农田的使用权，并进行了确权登记，这种确权证就是不合法的。
三、土地用途合法性角度
- 土地用途未改变则合法
- 基本农田是用于农业生产的重要土地资源，其用途受到严格保护。如果确权后的土地仍然用于农业生产，且符合基本农田的保护要求，那么确权证就是合法的。
- 土地用途改变则可能不合法
- 如果确权后的土地被改变了用途，如用于建设住宅、工厂等非农业用途，那么这种确权证可能就是不合法的。因为这种行为违反了基本农田的保护规定，可能面临被撤销确权证、恢复土地原状等法律后果。
法律建议：
- 如果您对基本农田的确权证合法性存在疑问，建议首先收集相关证据，如确权登记资料、土地权属证明、相关程序文件等。
- 然后，您可以向当地农村土地管理部门或相关政府部门咨询，了解确权的具体情况和法律依据。
- 如果认为确权证不合法，您还可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，维护自己的合法权益。
后续行动提示：在处理此类问题时，务必保持冷静和理性，依法维护自己的权益。如果您需要进一步的法律帮助或咨询，请随时向我提问，我会尽力为您提供专业的法律服务。