针对您提出的“把清税证明开了，仍有钱款怎么处理”的问题，这通常涉及到税务处理中的退税与欠税情况。以下是我为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，当您已经开具了清税证明，但公司账户上仍有剩余的钱款时，这通常意味着您可能存在应退税款或者之前缴纳的税款中有多余的部分。在这种情况下，您需要关注的是这些钱款是否可以与公司的欠税进行抵扣，或者是否可以直接退还给您。

一、应退税款与欠税的抵扣

根据《税收征管法实施细则》第七十九条的规定，如果纳税人既有应退税款又有欠缴税款的，税务机关有权将应退税款抵扣欠缴税款。这意味着，如果您公司之前有欠缴的企业所得税或其他税种，而您现在又有一笔经税务机关审核通过的留抵税额或其他应退税款，那么税务机关可以将这笔应退税款直接抵扣您公司的欠税。

二、抵扣后的处理

1. 抵扣后无余额：如果应退税款完全抵扣了欠税，那么您就不需要再额外缴纳税款，同时也不会收到退税。

2. 抵扣后有余额：如果应退税款在抵扣欠税后仍有余额，那么税务机关会将这部分余额退还给您公司。您需要确保公司账户信息准确无误，以便及时收到退税。

三、具体操作建议

1. 与税务机关沟通：首先，建议您与当地税务机关进行沟通，了解您公司的具体税务情况，包括应退税款和欠税的金额、种类等。

2. 提交相关申请：如果确认存在应退税款，并且您希望将其用于抵扣欠税或直接退还，您需要按照税务机关的要求提交相关申请，如退税申请表、欠税证明等。

3. 关注处理进度：在提交申请后，您需要关注税务机关的处理进度，确保您的申请得到及时处理。如果长时间未收到回复或处理结果不符合预期，您可以再次与税务机关沟通或寻求法律援助。

四、注意事项

• 请确保您提供的所有税务资料都是真实、准确、完整的，以避免因资料问题导致的处理延误或错误。
• 如果您对税务处理流程不熟悉或存在疑问，建议您咨询专业的税务顾问或律师，以获取更专业的指导和帮助。

综上所述，当您已经开具了清税证明但仍有剩余钱款时，您需要关注这些钱款是否可以与公司的欠税进行抵扣或直接退还。通过与税务机关的沟通、提交相关申请并关注处理进度，您可以确保这些钱款得到妥善处理。