老板直接在工资里扣违约金的行为通常是不合法的，员工有权要求老板返还被扣除的工资，并可以通过法律途径维护自己的权益。以下从多个角度为你详细分析：

从劳动合同法的角度

1. 违约金约定的限制：根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，用人单位与劳动者约定由劳动者承担违约金的情形仅限于两种：一是用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训，并约定服务期，劳动者违反服务期约定的；二是用人单位与劳动者在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项，劳动者违反竞业限制约定的。如果老板扣除违约金不属于这两种法定情形，那么这种扣除行为就是违法的。
2. 工资支付规定：用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。老板直接在工资里扣违约金，相当于未足额支付劳动报酬，违反了工资支付的相关规定。

从实际操作和证据收集的角度

1. 保留证据：如果遇到老板直接在工资里扣违约金的情况，首先要保留好相关的证据，如工资条、劳动合同、扣除违约金的通知等。这些证据将有助于你在后续的维权过程中证明老板的违法行为。
2. 与老板协商：在保留好证据后，可以尝试与老板进行协商，要求其返还被扣除的工资，并说明这种扣除行为是违法的。如果老板同意返还，那么问题就可以得到解决。

从法律救济途径的角度

1. 向劳动监察部门投诉：如果与老板协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行调查和处理，并可以责令用人单位限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿。
2. 申请劳动仲裁：如果劳动监察部门的处理结果不能满足你的要求，或者老板拒绝执行劳动监察部门的处理决定，你可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。劳动仲裁委员会将根据双方的证据和法律规定，作出公正的裁决。
3. 提起诉讼：如果对劳动仲裁裁决不服，你还可以在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。法院将依法审理案件，并作出最终的判决。