您好，关于“三叉路口设红绿灯是否违法”的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据具体的路口情况、交通流量、道路设计以及相关的国家标准来综合判断。

首先，我们要明确的是，红绿灯的设置是为了规范交通秩序，保障行车和行人的安全。在大多数情况下，如果三叉路口的交通流量大、车辆和行人交织复杂，且存在安全隐患，那么设置红绿灯是合理且必要的。

然而，并非所有的三叉路口都适合设置红绿灯。根据现行的国家标准《道路交通信号灯设置规范》，有些三叉路口可能因为道路设计、交通流量分布、视线遮挡等因素，并不适宜设置红绿灯。例如，如果路口的某个方向交通流量极小，或者路口的视线被建筑物、树木等遮挡，导致驾驶员难以看清信号灯，那么在这种情况下设置红绿灯可能反而会增加交通混乱和事故风险。

以您提到的商洛市商南县五里牌村世纪大道与312国道交汇处的三叉路口为例，根据商南县人民政府的回复，该路口是一个东西走向的同向三叉汇聚路口，按现行国家标准并不适宜设置红绿灯。为了保障交通安全，当地交警大队采取了其他措施，如设置提示震荡减速带、增设地面导向箭头标志、增设斑马线、安装警示牌以及强化巡逻管控等。

另外，您提到的313地质队长安路新建三叉路口红绿灯设置不合理的问题，这实际上是一个红绿灯设置位置不当的案例，而不是关于三叉路口是否应该设置红绿灯的讨论。在这个案例中，红绿灯被路中间障碍物挡住视线，给驾驶员带来不便和困惑。这说明了红绿灯的设置不仅需要考虑是否必要，还需要考虑其设置位置是否合理、是否易于被驾驶员识别。

综上所述，三叉路口是否设置红绿灯并不是一成不变的规则，而是需要根据具体情况来综合判断。如果路口存在交通安全隐患且符合设置红绿灯的条件，那么设置红绿灯是合理且必要的；如果路口不适宜设置红绿灯或者红绿灯设置位置不当，那么就需要采取其他措施来保障交通安全。希望这个解答能够帮助您更好地理解这个问题。