结论前置：员工迟到，公司能否扣工资需视具体情况而定，但总体上，在符合法律法规和企业规章制度的前提下，公司可以因员工迟到而适当扣工资。以下从多个角度进行详细分析：
一、法律法规依据
《中华人民共和国劳动法》第四十三条：
- 该条款规定，用人单位不得无故克扣劳动者工资。但这里的“无故克扣”指的是没有正当理由的扣减，而因劳动者违规行为（如迟到）导致的合理罚款并不在此列。
《工资支付暂行规定》第十五条及第十六条：
- 第十五条允许用人单位依法制定的规章制度中包含罚款制度，但需满足民主程序制定并公示的条件。
- 第十六条进一步规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按劳动合同约定赔偿，从工资中扣除，但每月扣除部分不得超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
二、公司规章制度的要求
规章制度需合法有效：
- 公司必须制定合法有效的规章制度，明确将迟到列为违纪行为，并设定合理的扣薪标准。
- 规章制度的制定需遵循《劳动合同法》第四条的规定，即应经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并确保内容合法、合理。
规章制度的公示与告知：
- 规章制度制定后，公司应通过公告栏张贴、组织员工培训学习、让员工签署知晓确认书等方式，确保员工充分了解并知晓迟到会被扣工资以及具体的扣薪规则。
三、扣薪幅度的合理性
扣薪幅度应合理：
- 扣薪幅度应与迟到的严重性相匹配，不能因迟到一次就扣除过多工资，以免影响劳动者的基本生活。
- 扣除的工资数额应与迟到给公司造成的实际损失相当，确保扣薪行为的公正性和合理性。
具体扣薪标准：
- 一般来说，每月扣除的部分不应超过劳动者当月工资的20%。例如，若员工月工资为5000元，则每月最多扣除1000元作为迟到罚款。
- 扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。这是为了保障劳动者的基本生活需求。
四、特殊情况的处理
不可抗力因素导致的迟到：
- 对于因自然灾害、交通事故等不可抗力因素导致的迟到，公司一般不应扣工资。因为这种情况下，迟到并非员工的主观故意或过失。
首次迟到且情节轻微：
- 对于首次迟到且情节轻微的情况，公司可以考虑给予警告、提醒等人性化处理方式，而不是直接扣工资。这有助于维护员工的积极性和工作满意度。
五、员工维权途径
协商解决：
- 如果员工认为公司的迟到罚款不合理或存在违法行为，首先可以与公司进行协商解决，尝试通过沟通达成和解。
投诉与仲裁：
- 如果协商不成，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。劳动监察部门或仲裁机构将依法对公司的扣薪行为进行审查，并作出公正裁决。
总结与建议：
员工迟到，公司能否扣工资需综合考虑法律法规、公司规章制度以及扣薪幅度的合理性等多个因素。作为公司，应确保规章制度的合法性和有效性，并在执行过程中遵循公平、公正的原则；作为员工，也应了解自己的权利和义务，在遭遇不公正待遇时及时寻求法律帮助。如果你有任何关于劳动工伤（工资福利）方面的法律问题，欢迎直接向我咨询。