结论：公司两个公户相互转款做流水是否合法不能一概而论，需分情况讨论。

1. 若转款行为基于真实业务背景且资金用途合法
   若公司因实际业务需求（如项目资金调配、内部结算、分支机构资金归集等），在两个公户之间进行资金划转，且资金用途符合公司章程、财务制度及法律法规规定（如未用于非法活动、未逃避税收监管等），则该行为属于合法资金运作。
   法律依据：根据《公司法》第三条，公司是企业法人，拥有独立的法人财产权，可依法自主支配其资产。只要转款行为不违反公司章程或损害债权人利益，通常不构成违法。

2. 若转款行为无真实业务背景，仅用于制造虚假流水
   若公司通过两个公户频繁转账、虚构交易背景（如无实际货物或服务对应的资金往来），或以“刷流水”为目的进行资金空转，可能涉嫌以下违法行为：

   • 虚开发票：若伴随虚构交易开具增值税专用发票，可能触犯《刑法》第二百零五条（虚开增值税专用发票罪）；
     
   • 逃避税务监管：通过虚假流水隐瞒收入或虚增成本，可能构成《税收征收管理法》第六十三条规定的偷税行为；
     
   • 金融违规：若利用公户转款规避外汇管理、反洗钱监管等，可能违反《外汇管理条例》或《反洗钱法》。
     风险提示：此类行为可能面临行政处罚（如罚款、没收违法所得）或刑事责任（如有期徒刑、罚金）。

3. 特殊情形：关联公司间的资金往来
   若两个公户属于关联公司（如母子公司、兄弟公司），资金划转需符合《企业所得税法》及《特别纳税调整实施办法》中关于关联交易的规定，即交易价格需符合独立交易原则（Arm’s Length Principle）。若转款被认定为不合理定价或利益输送，税务机关可能进行纳税调整，并要求补缴税款及滞纳金。

建议：

• 公司应建立规范的财务制度，确保公户转款基于真实业务背景，并保留完整合同、发票等凭证；
  
• 避免频繁、无意义的资金空转，防止被认定为“虚假流水”；
  
• 若涉及关联交易，需提前评估税务合规性，必要时咨询专业律师或税务师。
  

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