让员工离职时，用人单位确实需要结清工资，这是法律明确规定且必须履行的义务。以下是对这一问题的详细解答：
法律依据
《工资支付暂行规定》第九条：明确规定了劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同的同时一次付清劳动者工资。这一条款直接确立了无论离职原因如何，只要劳动合同解除，工资就必须立即结清的原则。
《中华人民共和国劳动法》第五十条：也强调了工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这进一步保障了劳动者在离职时能够及时获得应得的工资报酬。
《中华人民共和国劳动合同法》相关规定：同样强调了用人单位在劳动合同解除或终止时应结清劳动者工资的法律责任，确保了劳动者在离职时的合法权益。
实践操作与具体情况分析
正常离职并办理离职手续：
- 当员工按照公司规定提前通知并顺利完成工作交接后，用人单位应立即结算并支付其在职期间的所有工资。例如，员工提前30日以书面形式通知离职，并完成所有工作交接，公司应在其离职日一次性结清工资。
自动离职（未按规定辞职）：
- 即使员工未遵循法定程序离职，用人单位仍应结清工资。但公司可以根据规章制度对员工自动离职行为进行处理，如扣除因离职造成的损失赔偿。不过，赔偿损失与支付工资是两个独立的法律关系，公司需承担举证责任，且不能以赔偿为由扣押工资。
特殊情况协商处理：
- 若因财务结算周期等原因无法立即结清工资，用人单位应与员工协商确定合理的支付时间，并得到员工同意。例如，公司正处于财务年度结算期，经与员工协商，公司可以承诺在结算完成后的一定工作日内结清工资。
工资结算规则：
- 结算时间：员工办理完离职手续的当日或约定合理期限内。
- 结算标准：按实际工作天数和双方约定的工资标准进行计算。
- 结算内容：包括正常工作时间的工资、加班工资、奖金、津贴和补贴等应得收入。
劳动者权益保障措施
- 与公司协商：如果员工在离职时遇到工资未结清的情况，首先可以尝试与公司协商解决，并保留相关证据如聊天记录、通话录音等。
- 向劳动监察部门投诉：若协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉，要求责令公司限期支付工资。
- 申请劳动仲裁：如果公司仍拒绝支付工资，员工可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，通过法律途径维护自身权益。
总结：让员工离职时结清工资是用人单位的法律责任和义务，也是保障劳动者合法权益的基本要求。无论员工是正常离职、自动离职还是特殊情况下的协商处理，用人单位都有义务在劳动合同解除或终止时结清工资。如果员工在离职时遇到工资未结清的情况，可以通过与公司协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等途径来维护自己的合法权益。