结论：摩托车因刑事案件被上缴国库后报废，通常不会对案件本身或相关责任人产生直接影响，但具体影响需结合案件性质、车辆状态及法律程序综合判断。以下从不同角度详细分析：

1. 车辆上缴国库的法律性质

• 法律依据：根据《刑法》第六十四条，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。摩托车若被认定为“供犯罪所用的本人财物”（如用于运输毒品、实施抢劫等），则会被依法没收并上缴国库。
• 程序要求：没收需经法院判决生效后执行，公安机关或检察院无权直接处置车辆。若车辆已被法院判决没收，则其所有权转移至国家，后续报废属于国家财产处置范畴。

2. 报废对案件的影响

• 无直接影响：车辆报废是上缴国库后的财产处置方式，与案件定性、量刑无直接关联。例如，即使摩托车被报废，犯罪嫌疑人仍需承担刑事责任，不会因车辆报废而减轻处罚。
• 例外情形：若车辆是关键证据（如涉及交通事故犯罪），需在案件终结前保留以供鉴定或质证。此时报废可能影响证据完整性，但实践中此类情况极少见。

3. 报废对相关责任人的潜在影响

• 民事赔偿：若车辆涉及民事赔偿（如交通事故中需赔偿受害者），报废可能影响赔偿能力。但国家没收车辆后，通常不会用其直接赔偿受害者，而是通过其他财产执行赔偿。
• 行政处罚：若车辆存在未处理的交通违法记录（如未年检、未投保交强险），报废前需完成行政处罚程序（如缴纳罚款），否则可能影响车主的信用记录或后续车辆登记。

4. 报废程序与注意事项

• 合法报废流程：车辆上缴国库后，由财政部门或国有资产管理部门委托专业机构报废。报废需提供法院判决书、车辆登记证等材料，确保程序合法。
• 车主权利：若车主对没收决定不服，可在法定期限内提出上诉或申诉。但一旦判决生效，车主无权干预车辆后续处置（包括报废）。

5. 特殊情形：车辆未被没收但需报废

• 非犯罪工具：若摩托车仅因与案件有关（如目击证人车辆）但未被没收，车主可自行决定报废。此时需按《机动车登记规定》办理注销登记，与刑事案件无关。
• 证据保留：若车辆是案件证据但未被没收，需在案件终结前保留。报废前需与办案机关沟通，确保不破坏证据链。

建议：

1. 若车辆已被没收，关注法院判决是否生效，确认车辆所有权已转移至国家；
   
2. 若车辆未被没收但需报废，按行政程序办理，避免因程序瑕疵影响后续权益；
   
3. 如有疑问（如车辆是否应被没收、报废程序是否合法），可直接向我咨询，我会结合具体案情提供法律意见。