母女做亲子鉴定，相似度达到99.9%以上通常被认为是合格的，可以确认亲子关系。以下是对这一问题的详细分析：

一、亲子鉴定的基本原理

亲子鉴定是通过比较被鉴定人（如母女）之间的遗传物质（如DNA）的相似性，来判断他们之间是否存在亲子关系。DNA是生物体内携带遗传信息的物质，每个人的DNA都是独一无二的，除了同卵双胞胎等特殊情况外。因此，通过比较DNA的相似性，可以非常准确地判断亲子关系。

二、亲子鉴定的相似度标准

在亲子鉴定中，相似度是一个关键的指标。一般来说，如果母女之间的DNA相似度达到99.9%以上，就可以认为他们之间存在亲子关系。这个标准是基于大量的科学研究和实验数据得出的，具有很高的准确性和可靠性。

三、亲子鉴定的法律意义

亲子鉴定在法律上具有重要的意义。它可以用于确认亲子关系，解决亲子纠纷，如继承权、抚养权等。在婚姻家庭领域，亲子鉴定常常被用于解决因亲子关系不明而引发的各种问题。如果亲子鉴定结果显示母女之间的相似度达到99.9%以上，那么就可以作为确认亲子关系的法律证据。

四、亲子鉴定的注意事项

1. 选择正规机构：进行亲子鉴定时，应选择具有合法资质和良好信誉的正规机构。这些机构通常拥有先进的设备和专业的技术人员，能够确保鉴定结果的准确性和可靠性。
2. 保护个人隐私：亲子鉴定涉及个人隐私，因此在进行鉴定时，应确保个人隐私得到保护。选择正规机构可以确保鉴定过程的安全性和保密性。
3. 理解鉴定结果：亲子鉴定结果可能对个人和家庭产生重大影响，因此应正确理解鉴定结果。如果对鉴定结果有疑问或不解，可以向专业律师或遗传学家咨询。

五、特殊情况下的亲子鉴定

在某些特殊情况下，如近亲结婚、基因突变等，亲子鉴定的相似度可能会受到影响。在这种情况下，可能需要更复杂的分析方法和更多的样本数据来确认亲子关系。因此，如果遇到特殊情况，建议咨询专业律师或遗传学家，以获取更准确的鉴定结果和法律建议。

如果您在婚姻家庭领域遇到任何与亲子鉴定相关的问题或纠纷，可以直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业的法律建议和解决方案。