不动产纠纷中可以提出诉讼时效异议申请，但需分情况讨论其适用性及法律效果。具体分析如下：

1. 诉讼时效异议的适用范围
   根据《民法典》第193条，诉讼时效抗辩权适用于债权请求权（如合同纠纷、侵权赔偿等）。若不动产纠纷涉及债权请求权（如房屋买卖合同违约、租赁合同纠纷等），被告可在答辩期内提出诉讼时效抗辩，法院将依法审查是否超过3年诉讼时效期间。

2. 不动产纠纷的特殊性

   • 物权请求权不适用诉讼时效：若纠纷涉及物权确认、返还原物、排除妨害等物权请求权（如房屋所有权争议、相邻权纠纷），则不受诉讼时效限制（《民法典》第196条）。此时被告提出时效异议无效，法院应驳回。
     
   • 例外情形：若物权请求权伴随债权请求权（如要求支付房屋占有使用费），债权部分仍可能受时效约束。

3. 程序要求

   • 提出时间：被告需在一审答辩期间提出诉讼时效抗辩，逾期视为放弃权利（《民法典司法解释》第4条）。
     
   • 举证责任：被告需初步证明原告请求已超时效（如提供合同履行期限、催告记录等），原告则需反驳存在时效中断/中止情形（如协商、诉讼等）。

4. 实务建议

   • 原告：若请求权可能超时效，应主动收集时效中断证据（如书面催款、调解记录等），避免被动抗辩。
     
   • 被告：若主张时效抗辩，需严格审查请求权性质及时间节点，避免因程序瑕疵丧失权利。

提示：不动产纠纷法律关系复杂，时效问题常与案由、请求权性质交织。若涉及具体案件，建议提供合同文本、争议焦点等细节，以便进一步分析。