关于商铺遗赠与继承的税费及日后出售的区别，主要可以从以下几个方面进行分析：
一、税费方面的区别
遗赠的税费：
- 契税：根据相关规定，对于法定继承人通过继承承受土地、房屋权属的，免征契税。但遗赠并不属于法定继承范畴，因此受遗赠人接受商铺时，通常需要按照商铺评估价值的3%至5%缴纳契税（具体比例可能因地区而异）。
- 印花税：遗赠过程中，双方需要签订遗赠协议，并按照协议金额的0.05%缴纳印花税。
- 个人所得税：如果遗赠的商铺在受遗赠人接受后出售，且出售价格高于受遗赠时的评估价值，那么差额部分可能需要缴纳个人所得税。但如果是直系亲属之间的遗赠，且满足一定条件（如持有满五年等），可能享受免税政策。不过，这一政策因地区和具体情况而异，需具体分析。
继承的税费：
- 契税：如前所述，法定继承人通过继承承受土地、房屋权属的，免征契税。
- 印花税：继承过程中，同样需要签订继承协议或相关文件，并按照协议金额的0.05%缴纳印花税。但实际操作中，由于继承往往涉及家庭内部，印花税可能因地区而异，有的地方可能免征。
- 个人所得税：继承的商铺在日后出售时，如果出售价格高于继承时的评估价值，差额部分同样可能需要缴纳个人所得税。但同样，如果是直系亲属之间的继承，且满足一定条件，可能享受免税政策。
二、日后出售的区别
成本基础不同：
- 遗赠：受遗赠人接受商铺时的成本基础通常是遗赠时的评估价值。因此，在日后出售时，计算个人所得税的差额部分是基于这个评估价值与出售价格的差额。
- 继承：继承人继承商铺时的成本基础通常是继承时的市场价值（或评估价值，视具体情况而定）。这个价值可能因市场波动而与遗赠时的价值不同，从而影响日后出售时的个人所得税计算。
出售流程与限制：
- 无论是遗赠还是继承的商铺，在出售时都需要遵循相关的房地产交易流程，包括签订买卖合同、办理过户手续等。
- 但需要注意的是，如果商铺存在抵押、查封等限制情况，或者遗赠/继承过程中存在纠纷，可能会影响出售的顺利进行。
税务筹划空间：
- 对于遗赠和继承的商铺，在日后出售时都可以进行一定的税务筹划，以降低税负。例如，通过合理选择出售时机、利用税收优惠政策等方式来减少个人所得税的缴纳。
- 但需要注意的是，税务筹划必须在合法合规的前提下进行，避免触犯税法规定。
总结与建议：
- 商铺遗赠与继承在税费方面存在明显区别，主要体现在契税和个人所得税的缴纳上。遗赠通常需要缴纳契税，而继承则免征契税；个人所得税的缴纳则取决于出售价格与受遗赠/继承时的评估价值的差额。
- 在日后出售方面，遗赠与继承的商铺在成本基础、出售流程与限制以及税务筹划空间等方面也存在差异。因此，在做出决策前，建议充分了解相关税费政策和房地产交易流程，以便做出更加明智的选择。
- 如果你有具体的商铺遗赠或继承情况需要咨询，或者对税费政策和房地产交易流程有进一步的问题，可以直接向我提问，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。