以项目部名义委托支付工程款是否合法，需分情况讨论：

1. 项目部具备合法授权且以公司名义委托支付

   • 合法性分析：若项目部是公司设立的合法机构，且公司明确授权项目部处理工程款支付事宜（如通过书面授权书、公司章程或内部管理制度规定），则项目部以公司名义委托支付工程款的行为合法有效。此时，支付行为视为公司行为，法律后果由公司承担。
   • 法律依据：根据《民法典》第一百六十二条，代理人在代理权限内实施的民事法律行为，对被代理人发生效力。若项目部经公司授权，其支付行为即代表公司。

2. 项目部未获授权或以自身名义委托支付

   • 合法性分析：若项目部未获公司明确授权，或以自身名义（而非公司名义）委托支付工程款，则可能构成无权代理或表见代理。此时需分情况讨论：
     • 无权代理：若相对人（如收款方）明知项目部无授权，或无合理理由相信其有授权，则支付行为对公司不发生效力，需由项目部或实际行为人承担责任。
     • 表见代理：若相对人有合理理由相信项目部有授权（如项目部长期以公司名义处理事务、公司未公开否认授权等），则支付行为可能被认定为表见代理，公司仍需承担责任，但可向项目部追偿。
   • 风险提示：实践中，项目部通常不具备独立法人资格，其民事责任最终可能由公司承担。若项目部以自身名义委托支付，可能引发合同主体争议，增加法律风险。

3. 公司对项目部授权不明的法律后果

   • 责任承担：若公司对项目部的授权范围、权限等约定不明，导致项目部行为超出授权范围，公司仍可能需对相对人承担责任，但可依据《民法典》第一百七十二条向项目部追偿因超越授权造成的损失。
   • 建议：公司应通过书面授权书明确项目部的权限范围、支付流程等，避免授权不明引发的纠纷。

法律建议：

• 对公司：若需通过项目部支付工程款，应签订书面授权书，明确授权范围、期限及支付流程，并要求项目部以公司名义实施支付行为。
• 对相对人（如收款方）：在接收支付时，应要求项目部出示公司授权书，并核实授权范围及支付指令的真实性，避免因项目部无权代理导致款项无法追回。
• 争议解决：若发生纠纷，可依据《民法典》关于代理、表见代理的规定，结合具体证据（如授权书、支付凭证、沟通记录等）主张权利。

总结：以项目部名义委托支付工程款的合法性取决于项目部是否获得公司合法授权及支付行为的形式。建议公司通过明确授权、规范流程降低风险，相对人应核实授权真实性以保障权益。如有具体案件或进一步疑问，可直接向我咨询。