针对您提出的“公司对员工上下班途中的交通事故认定有异议如何处理”的问题，这是一个涉及法律、保险及企业内部管理等多方面的复杂问题。以下是我为您提供的详细处理建议：
一、法律层面的处理
工伤认定复核：
- 首先，公司应仔细审查交警部门出具的《交通事故责任认定书》，确认员工在事故中的责任比例。
- 根据《工伤保险条例》第十四条第六项，若员工在上下班途中受到非本人主要责任的交通事故伤害，应认定为工伤。若公司对此有异议，认为员工应承担主要责任或全部责任，可考虑在收到工伤认定决定后，依法申请行政复议或提起行政诉讼。
法律责任划分：
- 交通事故责任认定以交警部门出具的《交通事故责任认定书》为准，责任比例直接影响赔偿金额的计算。
- 公司应确保对责任认定的理解准确，必要时可咨询专业律师，以评估责任划分的合理性。
二、保险理赔的应对
工伤保险待遇申请：
- 若员工被认定为工伤，公司应协助员工准备工伤认定书、医疗诊断证明、费用清单等材料，及时申请工伤保险待遇。
- 工伤保险待遇包括医疗费用全额报销、停工留薪期工资按原待遇发放等，公司应确保员工权益得到保障。
商业保险补充理赔：
- 若公司购买了雇主责任险或员工投保了意外险，可考虑叠加赔付医疗费、误工费等。
- 公司应仔细审查保险条款，了解免赔额和除外责任，确保理赔过程顺利。
三、企业管理的应对措施
事故应急响应：
- 事故发生后，公司应立即启动应急预案，协助报警并送医治疗，保留现场照片、监控录像等证据。
- 24小时内向保险公司报案，配合开展查勘定损工作，确保事故处理及时、有序。
内部处理与预防：
- 根据员工伤情，公司可安排病假或调岗，定期慰问并跟进康复情况，体现人文关怀。
- 组织安全培训，分析事故原因，如通勤路线安全隐患等，完善管理制度，预防类似事故再次发生。
四、争议解决途径
协商调解：
- 在争议初期，公司可尝试通过企业工会或第三方调解机构与员工进行协商调解，促成双方和解，避免诉讼成本。
行政救济：
- 若公司对工伤认定结果不服，可在收到决定后60日内申请行政复议或在6个月内提起行政诉讼，通过法律途径维护公司权益。
司法诉讼：
- 若因赔偿标准等问题与员工产生争议，且协商调解无果，公司可向劳动合同履行地或用人单位所在地法院提起诉讼，通过司法程序解决争议。
综上所述，公司对员工上下班途中的交通事故认定有异议时，应从法律、保险及企业管理等多方面综合考虑，采取合适的处理措施。在处理过程中，公司应确保员工权益得到保障，同时维护公司的合法权益。如有必要，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。