机关事业单位有迁建协议的迁建补偿费，一般不算作非税收收入。以下是对这一问题的详细分析：

一、迁建补偿费的性质

迁建补偿费是因机关事业单位迁建而获得的补偿费用，其性质主要取决于补偿的原因和目的。在大多数情况下，迁建补偿费是对机关事业单位因迁建而产生的直接经济损失的补偿，如土地、房屋、设施等资产的损失，以及因迁建而产生的搬迁费用、临时安置费用等。这些费用通常与机关事业单位的运营活动无直接关系，而是对其特定损失的补偿。

二、非税收收入的定义

非税收收入是指除税收收入、政府债务收入以外的财政收入，它是由各级政府、国家机关、事业单位、代行政府职能的社会团体及其他组织依法利用政府权力、政府信誉、国家资源、国有资产或提供特定公共服务、准公共服务取得并用于满足社会公共需要的财政资金。非税收收入通常包括行政事业性收费、政府性基金、国有资源有偿使用收入、国有资产有偿使用收入、国有资本经营收益、彩票公益金、罚没收入、以政府名义接受的捐赠收入、主管部门集中收入以及政府财政资金产生的利息收入等。

三、迁建补偿费与非税收收入的区别

1. 来源与性质：迁建补偿费主要来源于对机关事业单位特定损失的补偿，而非税收收入则是政府利用权力、信誉、资源等取得的财政资金。两者来源和性质截然不同。
2. 用途与目的：迁建补偿费通常用于弥补机关事业单位因迁建而产生的直接经济损失，而非税收收入则用于满足社会公共需要，如提供公共服务、支持基础设施建设等。
3. 管理与监督：迁建补偿费的管理和监督通常遵循特定的补偿协议和规定，而非税收收入则纳入政府财政预算，接受更为严格的预算管理和监督。

四、特殊情况下的考虑

虽然一般情况下迁建补偿费不算作非税收收入，但在某些特殊情况下，如果迁建补偿费与政府行为、公共利益等密切相关，且符合非税收收入的定义和特征，那么也有可能被视为非税收收入的一部分。然而，这种情况较为罕见，且需要具体的法律、法规或政策依据来支持。

五、建议与结论

对于机关事业单位而言，在签订迁建协议并获得迁建补偿费时，应明确补偿费的性质和用途，并遵循相关法律法规和政策规定进行管理和使用。如果对于迁建补偿费是否属于非税收收入存在疑问或争议，建议直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。