担保公司收费后代偿时，是否需要扣除担保费，这主要取决于担保合同中的具体约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：
合同约定优先：
- 在担保业务中，担保公司与借款人（或债务人）之间会签订担保合同，明确双方的权利和义务。如果担保合同中明确约定了担保公司在代偿时有权扣除担保费，那么担保公司有权按照合同约定进行扣除。
- 反之，如果担保合同中没有明确约定或者约定不明确，那么担保公司通常不能随意扣除担保费，除非得到借款人的明确同意或者符合相关法律法规的规定。
法律法规的考量：
- 根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，担保合同是双方自愿达成的协议，应当遵循公平、自愿、诚实信用的原则。担保公司在代偿时扣除担保费，如果未经借款人同意或者不符合法律法规的规定，可能构成违约或者违法行为。
- 特别是如果担保费本身已经包含了代偿的风险费用，那么担保公司在代偿时再扣除担保费可能就不合理了。这需要根据具体的担保合同内容和相关法律法规进行判断。
实际操作中的建议：
- 对于借款人来说，在签订担保合同时，应当仔细阅读合同条款，特别是关于担保费、代偿等关键条款，确保自己的权益得到保障。
- 如果担保公司提出在代偿时扣除担保费，借款人应当要求担保公司出示合同依据或者相关法律法规的规定，并进行核实。如果认为担保公司的要求不合理或者违法，可以拒绝并寻求法律途径解决。
- 对于担保公司来说，也应当在签订担保合同时明确约定担保费、代偿等关键条款，避免在后续操作中产生纠纷。同时，在代偿时扣除担保费也应当符合相关法律法规的规定和合同约定。
总结来说，担保公司收费后代偿时是否需要扣除担保费，并没有一个固定的答案。它取决于担保合同中的具体约定以及相关法律法规的规定。因此，在处理这类问题时，建议双方仔细阅读合同条款并咨询专业律师的意见，以确保自己的权益得到保障。如果你有具体的法律问题或者需要进一步的法律咨询，可以直接向我提问。