结论：还款协议上约定在甲方所在地提起诉讼，若甲方注册地已变更，一般情况下可以按照变更后的注册地来确定管辖法院，但具体还需结合协议内容、变更情况及相关法律规定综合判断。
详细分析
协议约定与变更情况
- 协议约定：还款协议中明确约定了管辖法院为甲方所在地，这是双方当事人的真实意思表示，具有法律效力。
- 变更情况：若甲方注册地已发生变更，那么“甲方所在地”这一表述在协议履行或争议解决时可能产生歧义。此时，需要判断变更是否发生在协议签订之后，以及变更是否影响了协议中关于管辖法院的约定。
法律规定与司法实践
- 法律规定：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，合同纠纷的管辖法院通常为被告住所地或合同履行地。若协议中有明确约定，且该约定不违反法律规定，则应按照约定确定管辖法院。
- 司法实践：在司法实践中，如果公司注册地发生变更，且该变更在协议签订之后，且双方未就管辖法院进行重新约定，那么法院在审理时可能会考虑变更后的注册地作为管辖法院的参考因素。但具体还需结合协议内容、变更情况以及案件实际情况进行综合判断。
可能的情况与建议
- 情况一：若甲方注册地变更发生在协议签订之后，且双方未就管辖法院进行重新约定，那么你可以尝试与甲方协商，按照变更后的注册地确定管辖法院。如果协商不成，你可以在提起诉讼时，向法院说明情况，并请求法院根据实际情况确定管辖法院。
- 情况二：若协议中有明确约定，即使甲方注册地发生变更，也仍应按照协议中的约定确定管辖法院。但这种情况下，如果甲方提出异议，法院可能会对协议中的约定进行审查，以确定其是否仍然有效。
- 建议：为了避免争议和不必要的麻烦，建议在协议签订时明确约定管辖法院，并考虑在协议中增加相关条款，如“若甲方注册地发生变更，双方应协商确定新的管辖法院；协商不成的，仍按照本协议约定的管辖法院处理”等。
后续行动建议
- 收集证据：收集与还款协议、甲方注册地变更相关的所有证据，包括协议文本、变更登记证明等。
- 咨询律师：如果你对管辖法院的确定仍有疑问或担忧，可以向我进一步咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。
- 准备诉讼：如果协商不成，你需要准备提起诉讼，那么请确保你已准备好所有必要的诉讼材料，并了解诉讼流程和相关法律规定。
在处理此类问题时，请务必保持冷静和理性，通过合法途径维护自己的权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。