结论：银行卡被限制笔数后，若网贷逾期，是否会被扣款取决于限制的具体原因及网贷平台与银行之间的合作机制。以下从不同角度进行详细分析：
一、限制原因与扣款可能性
网贷平台自行冻结：
- 情况说明：部分网贷平台在借款协议中可能获取用户授权，在用户逾期后通过银行合作对绑定银行卡进行限制，以防资金转移。
- 扣款可能性：若限制是由网贷平台自行发起，且平台与银行有合作机制，那么在逾期情况下，平台可能会通过银行直接扣款。但这种情况通常需要用户事先授权，且银行会遵循相关法律法规进行操作。
司法冻结：
- 情况说明：若网贷平台通过常规手段无法收回欠款，可能会提起诉讼。法院判决用户败诉且未履行还款义务时，可申请强制执行，包括冻结银行账户。
- 扣款可能性：在司法冻结的情况下，若法院裁定从冻结账户中扣款以偿还债务，那么银行卡中的资金可能会被直接划扣。
银行风控限制：
- 情况说明：银行监测到账户与频繁逾期的网贷平台存在关联交易时，可能视为风险账户并采取限制措施，如限制交易笔数或金额。
- 扣款可能性：银行风控限制通常是为了防范风险，而非直接扣款。因此，在这种情况下，银行卡被限制笔数通常不会直接导致资金被扣。
二、应对措施与建议
核实限制原因：
- 操作建议：首先，通过银行客服、柜台或网上银行核实银行卡被限制的具体原因。了解是网贷平台自行冻结、司法冻结还是银行风控限制。
与网贷平台沟通：
- 操作建议：若限制是由网贷平台发起，及时与平台取得联系，表明非恶意逾期，说明还款困难，争取协商制定合理的还款计划。
处理司法冻结：
- 操作建议：若涉及司法冻结，与执行法院联系，了解诉讼流程和进展，获取起诉材料及判决文书。筹集资金履行还款义务后，向法院申请解除银行卡冻结。
向银行说明情况：
- 操作建议：若限制是银行风控措施，携带有效身份证件及还款证明材料至银行网点，详细说明逾期原因及还款情况，请求解除限制。
三、重要提示与预防措施
尽快行动：
- 提示内容：逾期还款可能对信用记录和财务状况造成更大影响，因此应尽快采取措施解决问题，避免情况进一步恶化。
谨慎选择网贷：
- 提示内容：在选择网贷时要谨慎，确保选择正规合法的平台，并合理规划还款能力，避免陷入逾期困境。
维护合法权益：
- 提示内容：在整个过程中，要时刻关注自己的合法权益，避免受到不法侵害。若认为网贷平台或银行的行为不合法、不合理，可向我咨询相关法律问题。
总结：银行卡被限制笔数后，网贷逾期是否会被扣款取决于限制的具体原因。建议用户首先核实限制原因，然后根据不同情况采取相应的应对措施。同时，要谨慎选择网贷平台，合理规划还款能力，并时刻关注自己的合法权益。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。