鉴定后的已完工工程造价中，质保金是否扣除需视合同约定及法律规定而定。以下从不同角度进行详细分析：
合同约定优先：
- 在建设工程合同中，双方通常会就质保金的扣除、比例、支付条件等作出明确约定。如果合同中明确规定了鉴定后的已完工工程造价中需要扣除质保金，那么应当遵循合同约定进行扣除。
- 例如，合同可能约定：“工程竣工验收合格后，经鉴定确认的已完工工程造价中，应扣除合同总价款的5%作为质保金，待质保期满后无息退还。”在此情况下，鉴定后的造价中自然需要扣除相应的质保金。
法律规定补充：
- 如果合同中没有明确约定质保金的扣除问题，或者约定不明确，那么需要参考相关法律规定。根据《建设工程质量管理条例》等相关法律法规，质保金是用于保证工程质量在保修期内出现问题时能够得到及时维修的资金。
- 在没有合同约定或约定不明确的情况下，如果工程确实存在需要保修的内容，且质保期尚未届满，那么从保障工程质量的角度出发，鉴定后的已完工工程造价中可能会被要求扣除一定比例的质保金。但具体扣除比例和方式，可能需要由双方协商确定，或者通过法律途径解决。
实际操作中的注意事项：
- 在实际操作中，鉴定机构通常只会对已完工工程的造价进行鉴定，而不会直接涉及质保金的扣除问题。质保金的扣除通常是在工程竣工验收合格后，由发包方根据合同约定或法律规定进行扣除。
- 如果发包方在鉴定后要求扣除质保金，承包方应当仔细审查合同约定和法律规定，确保扣除的合法性和合理性。如果认为扣除不合法或不合理，可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式维护自己的合法权益。
建议：
- 在签订建设工程合同时，双方应当明确约定质保金的扣除、比例、支付条件等条款，以避免后续争议。
- 在工程竣工验收合格后，如果发包方要求扣除质保金，承包方应当及时审查合同约定和法律规定，确保自己的权益不受侵害。
- 如果双方就质保金的扣除问题存在争议，建议及时咨询专业律师，通过法律途径解决争议。
如有更多关于建设工程合同、质保金扣除等方面的法律问题，可以直接向我咨询。