结论：普通拘留三天是否会有案底，主要取决于拘留的性质。行政拘留通常不会留下案底，而刑事拘留若最终导致有罪判决，则会留下案底。司法拘留则通常不会留下案底，但可能影响政审。
一、行政拘留
性质与定义：行政拘留是公安机关依法对违反行政管理秩序的公民采取的限制其人身自由的惩罚措施，属于行政处罚的一种。它通常针对的是违反《中华人民共和国治安管理处罚法》等行政法规的行为。
是否留案底：行政拘留不会留下犯罪案底，即通常所说的“刑事犯罪记录”。但是，相关记录会在公安机关留存，主要用于内部管理和必要的查询。这些记录对当事人的一般生活和工作不会产生重大影响，但在某些特定情况下，如报考军警院校、特殊岗位的公务员等，可能会被作为参考因素。
举例说明：假设某人因在公共场所打架斗殴被公安机关处以行政拘留三天的处罚，那么这次拘留不会在他的个人档案中留下犯罪案底，但公安机关内部会有相关记录。
二、刑事拘留
性质与定义：刑事拘留是公安机关、人民检察院在刑事案件侦查过程中，对现行犯或重大嫌疑分子采取的临时剥夺其人身自由的强制方法。它是一种刑事诉讼中的强制措施，旨在确保侦查活动的顺利进行。
是否留案底：刑事拘留本身不会留下案底，但是否留下案底取决于后续的法律程序结果。如果经过侦查、审查起诉，最后被法院判决有罪，则会留下犯罪案底；如果最终经法院审判没有被认定为有罪，则不会留下犯罪案底。
举例说明：假设某人因涉嫌盗窃被公安机关刑事拘留三天，但经过侦查发现证据不足，最终检察机关决定不起诉，那么这次刑事拘留不会在他的个人档案中留下犯罪案底。相反，如果最终被法院判决有罪，则会留下案底。
三、司法拘留
性质与定义：司法拘留是人民法院对妨害民事诉讼、行政诉讼、刑事诉讼情节严重的人，在一定期间内限制其人身自由的一种强制措施。它通常针对的是在诉讼过程中违反法庭纪律、妨害诉讼活动等行为。
是否留案底：司法拘留不属于刑事处罚，因此不会留下犯罪案底。但是，相关记录会在相关司法机关留存，主要用于内部管理和必要的查询。
举例说明：假设某人在民事诉讼过程中，因扰乱法庭秩序被法院处以司法拘留三天的处罚，那么这次拘留不会在他的个人档案中留下犯罪案底，但法院内部会有相关记录。在涉及政审的场合，如考公务员、特殊岗位等，该记录仍可能被查询并可能对个人产生一定影响。
建议：如果你或你身边的人遇到了拘留的情况，首先需要弄清楚拘留的性质。如果是行政拘留或司法拘留，通常不会留下犯罪案底，但也需要关注可能产生的其他影响。如果是刑事拘留，则需要密切关注后续的法律程序结果，以便及时采取应对措施。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。