若起诉债权转让后，实际可追偿的债权金额少于起诉时的金额，剩余部分的处理方式需根据具体情况分析，具体如下：

1. 若剩余债权仍存在且未过诉讼时效
   若债务人仍有部分债务未履行（例如原债权100万，已追回60万，剩余40万未履行），且该剩余债权未超过法律规定的诉讼时效（一般为3年），债权人可就剩余部分另行起诉。此时需注意：

   • 需保留原债权转让协议、债务人部分履行的证据（如还款记录、对账单等），以证明剩余债权的存在；
     
   • 若原诉讼中已申请财产保全，需确认保全措施是否仍有效，避免债务人转移财产；
     
   • 若原判决已明确剩余债权金额，可直接依据判决申请强制执行，无需重复起诉。

2. 若剩余债权已过诉讼时效或债务人无履行能力

   • 诉讼时效届满：若剩余债权超过诉讼时效，债务人可提出时效抗辩，法院将驳回债权人请求。此时债权人可尝试与债务人协商还款（如签订还款协议、债务重组等），或通过其他合法途径（如以物抵债）实现债权；
     
   • 债务人无履行能力：若债务人破产、失踪或确无财产可供执行，债权人可申请参与债务人破产程序（如有），或向法院申请“执行不能”终结本次执行，待债务人财产状况改善后恢复执行。

3. 若债权转让协议存在瑕疵导致部分债权无效
   若债权转让协议因违反法律强制性规定（如未通知债务人、转让禁止流通的债权等）导致部分债权无效，债权人需根据无效范围承担相应后果：

   • 若部分无效不影响整体转让效力，债权人仍可就有效部分主张权利；
     
   • 若转让协议整体无效，债权人需返还已受领的财产（如债务人已履行的部分），并可能需赔偿债务人因此遭受的损失。

建议行动步骤：

1. 梳理原债权转让协议、债务人履行情况等证据，明确剩余债权金额及状态；
   
2. 评估剩余债权的诉讼时效、债务人履行能力及转让协议效力；
   
3. 根据评估结果选择合适方案（如另行起诉、协商还款、申请破产等）；
   
4. 若涉及复杂法律问题（如时效中断、债务人财产调查等），可进一步向我咨询具体操作细节。