总公司中标后，原则上应由总公司签订合同；但在特定情况下，分公司也可以代表总公司签订合同。以下是对此问题的详细分析：

一、一般原则：总公司中标应由总公司签订合同

1. 法律规定层面：

   • 根据《中华人民共和国招标投标法》第四十六条，招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。这里的“中标人”指的是参与投标并中标的总公司，因此从严格的法律意义上讲，合同应由总公司签订。

2. 主体责任层面：

   • 总公司具有独立法人资格，能独立承担民事责任；而分公司不具有独立法人资格，其民事责任由总公司承担。若允许分公司随意签订合同，可能导致合同主体与中标主体不一致，进而引发责任不清、权利义务不明等问题，影响招标方的合法权益和招投标活动的正常秩序。

二、特殊情况：分公司可以代表总公司签订合同

1. 事先约定或获得招标人同意：

   • 如果招标文件明确规定或招标人事先同意中标人可以由其分公司签订和履行合同，那么总公司中标后分公司签订合同是合法的。这种情况下，招标人对合同签订主体的变更表示了认可，视为对招投标程序的一种特殊安排。例如，某些大型项目可能因地域、管理等因素，招标人更倾向于与中标人的分公司签订合同，以便更好地协调和管理项目。

2. 总公司授权：

   • 总公司可以通过书面形式明确授权分公司签订并履行该合同，并向招标人及相关方出示该授权文件。此时，分公司作为总公司的代理人，在授权范围内签订合同，法律后果由总公司承担。这种授权方式在实际操作中较为常见，特别是在总公司业务繁忙或分公司具备特定优势的情况下。

三、实际操作建议

1. 优先考虑总公司签订合同：

   • 为确保合同的有效性和合法性，建议在总公司中标后，优先考虑由总公司直接与对方签订合同。这样可以避免因合同主体不一致而引发的法律风险和纠纷。

2. 如需分公司签订合同，应确保合法授权：

   • 如果确实需要分公司签订合同，应确保已获得总公司的明确授权，并妥善保留授权文件以备查证。同时，应向招标人及相关方充分披露这一授权情况，以确保合同的透明度和合法性。

3. 咨询专业律师：

   • 在整个过程中，如有任何疑问或不确定的地方，应及时向我咨询以获取具体的法律意见和指导。作为专业律师，我可以根据具体的项目情况、地区法律法规以及合同条款，为你提供针对性的法律建议和解决方案。

综上所述，总公司中标后由谁签订合同需根据具体情况而定。在遵循法律规定和保障各方权益的前提下，可灵活处理合同签订主体的问题。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。