原股东去世后，其股份转让给配偶的程序主要涉及以下几个步骤，我将结合法律条款和实际操作建议为您详细说明：
一、确认公司章程或股东协议的特别约定
优先遵循：首先，需要查看公司章程或股东协议中是否有关于股东去世后股权继承或转让的特别约定。这些约定可能包括股权的转让方式、程序、限制条件等。只要这些约定不违反法律法规的强制性规定，就具有法律效力。
必要文件准备：如果公司章程或股东协议有特别约定，配偶需要准备股东的死亡证明、自己的身份证明、结婚证等证明配偶身份的文件，以及公司章程或股东协议中规定的其他必要文件，以便按照约定进行股权转让。
二、无特别约定时的处理
夫妻共同财产与法定继承：
- 在公司章程或股东协议没有特殊约定的情况下，股权首先被视为夫妻共同财产。股东生前若未做特别约定，则股权的一半属于配偶。
- 对于股东所拥有的另一半股权，作为其个人遗产，由法定继承人（包括配偶、子女、父母）按照平等的份额进行继承。若配偶希望获得全部股权，可能需要与其他继承人协商并达成一致。
股东身份的取得：
- 配偶在继承股权后，是否能当然取得股东身份，在实践中存在一定争议。但根据《中华人民共和国公司法》第七十五条，自然人股东死亡后，其合法继承人可以继承股东资格，除非公司章程另有规定。因此，若公司章程无特别限制，配偶继承股权后通常可以取得股东身份。
- 然而，由于有限责任公司具有人合性，股东之间的信任关系对公司的稳定运营至关重要。因此，在实际操作中，配偶继承股权后，要取得股东身份可能还需要经过其他股东过半数同意。若其他股东不同意配偶成为股东，则需要按照合理价格购买该部分股权。
三、股权转让的具体程序
内部转让优先：
- 如果配偶希望成为公司股东，且其他股东同意，那么可以优先考虑将股权转让给配偶。此过程通常不受限制，只需双方达成协议并办理变更手续。
对外转让条件：
- 若内部股东不愿受让，配偶可将股权转让给第三人。但此时需经其他股东过半数同意，并遵循书面通知、优先购买权等程序。在同等条件下，其他股东享有优先购买权，协商不成时按比例行使。
四、股权变更登记
准备文件：
- 无论继承还是转让，均需准备股权转让协议（或继承相关证明）、股东会决议、公司章程修正案、新股东身份证明等文件。
工商登记变更：
- 公司应在变更之日起30日内向工商行政管理部门提交申请，完成股权变更登记。这是确保股权转让合法有效的关键步骤。
五、特殊情况处理
股权质押或冻结：
- 若股权存在质押或被司法冻结，处理时需考虑质权人或司法程序的限制。在这种情况下，股权转让可能受到一定限制或需要特定程序。
无继承人或放弃继承：
- 若股东无合法继承人或继承人放弃继承，公司可按章程规定或股东会决议处理，如减资或由其他股东认购。
六、实际操作建议
积极沟通协商：
- 在处理股权转让问题时，建议配偶与其他股东积极沟通协商，妥善处理股权继承及股东身份确认的问题，避免引发不必要的纠纷。
寻求法律支持：
- 由于股权转让涉及多个法律领域和复杂的法律问题，建议配偶在处理过程中寻求我的法律支持，以确保整个过程的合法性和有效性。
总结来说，原股东去世后其股份转让给配偶的程序涉及多个步骤和法律环节。在处理这一问题时，应充分考虑公司章程或股东协议的特别约定、法定继承规则以及实际操作中的各种因素。如有任何疑问或需要进一步的法律支持，请随时向我咨询。